（一）“广而不精”，机构重叠，效率低下
高职院校在学生组织的设立初期，没有细致的全盘考量，忽视实际的效用发挥，设置的机构权责不明，分管的事物模棱两可，各个协作学生组织之间又缺乏有效沟通，往往造成或是不同机构开展的活动重复、挥霍精力；或是各部门皆处于无活动的九龙治水、各自为政局面。
（二）“官小权微”，思想落后，信仰松动
随着高职院校改革走进新时代，“00”后的新生代走向高校的舞台，他们的思维模式、行为方式容易受到网络不良思潮的影响。“佛系青年”“无为而生”等消极思想消磨着他们学习、生活的积极性，更遑论加入学生组织，为学生工作奉献自己的一份力量。有些学生认为学生组织里的学生干事“官小权微”，是充当组织的免费劳动力；甚至流露出不愿做“小干事”只做“大干部”，非主席、副书记不做等极端功利思想。这种错误思想，既不利于学生个人成长，也不利于学生组织建设，因此，学生组织构建思想高地，筑牢防线刻不容缓。
（三）“被动工作”，制度滞后，激励不足
高职院校的学制为三年制，相对于本科高校时间较短，导致学生组织干部的选拔、培养时间更为紧张，学校、学院往往为了能更加快速的开展学生工作，削减学生组织干部历练这一过程，只注重学生组织执行力的提升，而忽视学生组织更为重要的组织能力、领导能力、创新能力的磨砺。这样急于求成，没有经过精心选拔、系统考察的学生组织队伍思想素质和综合能力往往达不到实际工作要求，反而既不利于学生工作开展，也不利于学生思政教育的阵地建设。