《新安学系录》在康熙三十五年（1696）绿荫园重刻本，以明代正德三年《新安学系录》为蓝本，由富溪族孙程应鹏主持刊刻，并有程应鹏《莪山先生新安学系录跋》：

吾乡之学系，固当录也；而天下之学亦所系焉，尤不可不录。则此录也，为天下之书而非一乡学者之私书。况学之所系，即道之所系乎？吾家河南二夫子出，越千余载而上接洙泗，非同汉、晋、隋、唐之学者味其糟粕而未尝精华者比。吾二夫子也，实绍先圣之绝学，迨及考亭夫子，又集诸儒之大成。新安之学出于伊洛，伊洛之氏本于新安，此吾家莪山先生所以作新安之学系录而首之以二夫子也。莪山先生于姚江讲学之时，虞考亭之学有惑于当世，乃于《传习录》而辨晰之。以姚江之学源于二陆，又集鹅湖、白鹿彼此所讲之学而辨晰之，使朱子之学复昭如日星，有功哉！
自下夫子之传传于朱子，吾乡之学者群起而奉朱子，故当日有“东南邹鲁”之称。二夫子之学，天下归之，而新安为独盛。系出于新安，而学复归于新安，异已。朱子以降，为谱以定其世次，井然不紊，莪山先生之功，不亦巍哉！
夫朱子之学，上入于经筵，下遍于村塾，国家以之取士，以之治国平天下，莪山上探其源而下及其流，不特有功于吾一乡，而实有功于天下也，岂容湮没乎？是录也，岁久板缺，鹏不自揣，为之补订，以复行于世，欣然而奉为规矩云。

从程应鹏《跋》中不难看出，为什么要再版《新安学系录》，从明正德三年（1508）到清康熙三十五年（1696），已历经188年了，由于明代发行很少，世传下来不多，明代的版本也就成为稀世珍宝了。正如所言：“是录也，岁久板缺，鹏不自揣，为之补订，以复行于世，欣然而奉为规矩。”为了弘扬朱子之学，传承新安理学宗旨和学派宗师，将一脉相传的理学家群，独立完整传递下去，故到清代又重新进行刊刻，所以吴曰慎在重刻序中说：“当时士诡其趋，知之者鲜，至是岁久板缺，学者未尝得睹其书，先生之苦心几负矣。今其族孙翼天程子，年富力强，有志于圣贤之学，于是修废锓补以广其传，诚盛举也。后之读是录者，虽与诸贤生不同时，而知其学行，皆吾之模范也。则当求其所以为学之道、成德之由，而日孳孳于主敬立本，穷理反躬，则德崇业广，可以继往开来，将为圣贤统系中人矣，可不勉哉！”则更加说明了“知之者鲜，至是岁久板缺，学者未尝得睹其书，先生之苦心几负矣。”其书流传至少，为传承新安理学，以光大理学精神。吴曰慎一语道破了程曈欲借《新安学系录》之名，而行维护朱子学之实的目的。