1办学理念和定位问题
对办学类型的偏见：当前，对于应用型大学的办学理念与定位，还广泛存在着许多偏见，例如：受国家对高校分层管理体制的影响，不少人认为研究型高校层次高，应用型高校层次低；还有人认为应用型高校的主要功能是人才培养，而忽视了科学研究、社会服务、文化传承等功能，凡此种种，不胜枚举。
同质化的现实因素：一方面，由于国家对高等教育分类管理的体系尚未健全，为了寻求更多教育资源和要素的配置，办学层次的提升成为绝大多数高校追求的目标，造成了高等教育整体结构的同质化；另一方面，有一大批应用型高校是师范专科线升格而来，受历史沿革、师资结构、招生就业等因素的影响，这类高校专业设置出现扎堆现象，造成了学科专业结构的同质化；此外，受办学条件的影响，新建地方本科高校的实习、实训设施普遍不足，具有工程实践能力的师资匮乏，造成了人才培养过程重理论轻实践的现实，亦成为应用型高校人才培养的“瓶颈”。
2路径依赖问题
在地方本科院校向应用型大学转型的过程中，“路径依赖”的力量不可小觑，这是大学办学模式的历史原因造成的。大学模式移植是国际高等教育发展中一个普遍的现象，现代高等教育制度的后发国家往往借鉴或复制发达国家的制度或模式，中国也不例外。自上世纪50年代以来，我国的高等教育制度先仿苏联、后学欧美，在建国初起的特定历史条件下，这种移植模式在短期内推动了我国高等教育的迅速发展。与此同时，也产生了诸多“水土不服”的痼疾顽症，亟需在体制机制方面进行改革和创新，形成适应新时代形势、具有中国特色的高等教育模式，破解路径依赖。
在专业教育与现代大学联系起来并逐步大学化的过程中，就会与“学位”这一称号发生联系，长期以来，学位教育几乎以学科知识为基础的学术教育等同，而职业领域的知识与技能在系统化、客观性和实践感等方面都有很大差异，造成了大学培养出来的人才可能在职业实践领域“用不上、干不好、留不住”。
3体制机制限制问题
政府通过“双一流”建设、“双万计划”等项目大力发展研究型高校和职业院校，应用型高校处于研究型高校和职业院校的夹缝中，面临着政策洼地，难以从政府获得更多的办学投入，影响内涵提升；分类管理的体系尚未健全，高校评价指导的指标体系单一、应用型高校认定措施缺失、产教融合鼓励多而规范少；评价、排名指标不科学造成科研导向，“回归课堂”难落实等。
4教师队伍建设问题
当前，应用型大学的教师队伍存在如下问题：专任教师的数量和学历与学生培养需求不匹配；课堂教学任务繁重；实践教学能力不足；高层次人才引进困难，教师队伍不稳定;师资结构不合理，用人机制、激励机制不完善；“重科研、轻教学”的现象严重；教师自身学习意识和发展意识不强等等。
5课程与教学方法问题
课程与教学一直是应用型大学办学的短板，课程模式与内容、教学方法与手段尚未凸显应用型大学的办学特色，不能完全满足应用型人才的培养目标。创新和重构课程与教学迫在眉睫。