（一）重大工程顶层治理及其问题
重大工程通常表现为高度的不确定性和复杂性，其相较一般工程项目利益主体增多、目标多元化，导致主体行为博弈现象更为复杂，且由于其公共属性，在重大工程建设实施的全过程都离不开政府的监管和统筹全局的作用。对于重大工程这样一个复杂系统，借助政府的权威性、代表性和整合资源的能力，形成贯彻总体目标、自上而下的治理机制，可以充分发挥政府治理对重大工程的有效作用。在政策和市场的双重驱动下，重大工程项目管理组织模式呈现出一定的演化趋势，基本形成了政府主导的“政府—项目法人”治理结构。项目法人对工程项目全面负责，在整个项目实施过程中起核心作用，政府对重大工程的监督管理应以项目法人为强有力抓手，在重大工程中形成项目法人负责、政府监督相结合的顶层治理。
重大工程顶层治理可以看作是在政府—项目法人层面，通过项目法人组建方式、责权利配置、激励、监管等一系列制度性安排与平等的合作、信任、沟通等方式，对项目法人组织行为进行引导和规范，最终实现重大工程项目绩效最大化的过程。随着项目管理知识体系的发展，对建设工程项目的治理研究，早已跳出了传统方式中仅依靠正式制度的舒适圈，更强调多维全面的协同正式制度与非正式关系的治理机制，并且已有研究表明综合以上两方面的治理机制能有效改善建设工程项目绩效，因此，重大工程顶层治理应借鉴并采取两个维度的措施，对项目法人发挥更加有效的治理效用。
在不同属性的重大工程中，“政府—项目法人”顶层治理结构有所差异。公益性项目主要由政府出资，多数仍由政府主管部门抽调人员组建工程指挥部担任项目法人，由其负责项目的建设管理；政府投资逐渐退出经营性项目，主导作用相应减弱，而项目法人的主体地位逐渐增强，此时，项目法人由出资企业（联盟）单独组建或与政府委托的部门官员共同组建。项目法人的参与程度主要取决于对经营效益和社会效益关系的合理预测，盈利能力则为项目法人的深入参与创造了投资环境。在重大工程中，政府与项目法人之间的关系类似于所有者与管理者之间的关系，项目法人的加入，为重大工程项目管理组织补充了新的专业、管理等资源，无疑为重大工程治理实践带来了重要支撑，然而我国重大工程在引进项目法人之后也出现了很多前所未有的问题。由于公益性项目的公有产权无法使行政化的代理人取得“剩余索取权”，也就无法保证其对项目市场实施主体的有效监督和管理。而经营性重大工程中，项目法人是以盈利为最终目的的经济组织，极有可能因此造成工程质量问题、投资失控等多方面的风险，损害政府和社会公众的利益。因此，以“政府—项目法人”构成的重大工程顶层治理结构为基础，一方面从项目全局上保障了重大工程项目建设实施的行为过程和项目绩效；另一方面有助于协调政府与项目法人之间的关系，避免代理问题的发生，使得双方的职能有效发挥，从而改善重大工程项目绩效。
（二）代理理论与管家理论融合视角下的重大工程顶层治理机制
政府亟需正视项目法人的特殊地位，政府与项目法人之间的关系，要区别于与市场化的建设主体的委托代理关系，不能简单地将此视为一次性劳动与报酬的交换过程。市场建设主体无须为重大工程最终绩效承担责任，而项目法人则可以视为政府资产的管家，其对项目的成败负有法定责任，具有为了保护项目的长期利益而愿意牺牲其个人短期利益的行为表现。但“管家”并不会对资本所有者有天然的忠诚，只有在政府（所有者）与项目法人（管理者）之间形成有效的监督—激励机制，才能保障双方的利益和目标一致起来。
代理理论(Agency Theory)，亦称委托代理理论。代理理论视角下，项目法人被看作自利的“经济人”，可能会为了自身利益最大化做出损害政府（社会公众）利益的机会主义行为。而管家理论（Stewardship Theory）视角下，项目法人被看作恪尽职守的“管家”，是“社会人”，所有者和管理者利益一致，追求双赢和自我实现。可以看出，管家理论与代理理论根本的分歧在于人性的假设。事实上，人应当是介于完全理性和完全感性之间的“复杂人”，具有不同心理的项目法人处于不同的情境中会表现出不同的行为倾向，人性假设由“决定论”变为“选择论”，构成了两种理论融合的基础。Davis等 详细比较了代理理论和管家理论，在肯定代理理论价值的同时，认为两种理论可以互补融合。在政府与项目法人的关系中，代理行为和管家行为并非稳定固化的状态，现有学者在研究所有者对管理者是采取“先礼后兵”还是“先小人，后君子”得出了不同的结论，主要源于管理者的行为复杂、多变，不同的心理和情境因素下会有不同的行为倾向。项目法人作为管理者的行为倾向不仅取决于自身的偏好，还受到政府的行为影响，是一个博弈过程。况且，代理理论和管家理论不是替代关系，而是所有者与管理者行为关系的两种不同表现形式，单纯信奉任何一种都过于极端，达不到预先设定的效果。因此，考虑到项目法人的复杂行为倾向，应根据重大工程复杂情境基于代理理论与管家理论融合视角构建政府与项目法人之间动态的、激励与约束相容的顶层治理机制。