（一）忽视了学生独立思考的空间
《义务教育课程标准(2011版)》对各阶段的学生的年龄特征做了说明，不同年段学生的智力、知识、经验、技能等方面有着明显的差异。如高段六年级的孩子，其对自主意识与自学能力的需求显著增加。同时，由于年龄的特殊性，学生的自我管理意识增强，因此，在教学中要注意对学生自我思考、自主学习意识的引导。
“学本式卓越课程”所提倡的小组合作学习，要求学生之间的互助学习，增强其合作能力的培养。 ，容易引发学生不会独立学习、自我思考能力弱等现象，使得该模式反而成为学生成长与发展道路上的绊脚石。
（二）学生的评价体系不全面
评价是课堂文化建设的关键点，制约着课堂的建设与发展。笔者认为，卓越课堂既然强调学生自主性与主体性的培养，则教学考核方式不能仅以成绩为主。通过研究发现，A小学在学生学习评价方面存在着如学生小组内评价单一、评价内容不全面等现象。显然，这种评价方式上不全面的。在遗传、地域环境、教育氛围等因素的差异化条件下，学生的发展状态不但具有发展方向的丰富性和内在的相通性，而且还存在着个体发展的差异性和特殊性。不能形成以考试成绩为上的认识误区。为此, 我们在教学实践中提出卓越课堂教学评价的四种评价导向, 即坚持发展性、多元性、多维性、多向性评价取向。专注于课堂教学内容设计、课堂教学实施过程、学生的个性发展和教师的专业发展, 评价的重点从传统的关注老师的教, 转向关注学生的学。
（三）教师综合能力的不达标
部分研究者认为，教师的综合能力不仅是单一片面的能力，而是一个多维度、多层次、多因素构成的复杂性综合体。在传统式课堂教学中，教师担任着“知识的传授者与灌输者”角色，其重点对学科知识与技能提出了要求。在生本教育理念的影响下，学生主动的进行信息收集、建构，成为课堂主人，使得教师的角色发生了根本性的变化，转变为“学生建构的领路者”、“文化的创造者”、“学习的引导者”与“教学的组织者”，对教师的综合能力，如组织、研究、沟通、思考、探究、学习等能力提出了新的挑战。同时，“学本式”教学模式中，促进教学理念向以学生为本转变，在学生之间的小组合作、讨论交流中，学生易产生各种问题，这对教师的知识面要求更高。
（四）课堂管理效率低下
受新课改教育观念的指导，现在的课堂教学，引导学习方式向自主探究、合作交流等方向转变，教师通过加入生活性、文化性、创新性元素，对课堂教学组织形式的多样性设计，让学生的经历变得有价值。但由于课堂管理的间接性，教师怕课堂出现无法控制的场面，便制定了繁琐的课堂规定，波及学生学习中的自主性，使得小组合作讨论缺乏深度、部分同学活动参与积极性不高、无法达到目标效果等现象，让师生之间不能形成真正意义上的情感互动与思维碰撞。