辛亥革命后，北洋军阀开始对中国统治，1912年8月，袁世凯任命马麒为西宁镇总兵，后来马麒逐步将青海的军政大权集于一身，从此“开拓青海”17年，这也意味着马氏家族对青海近40年的统治由此开始。马麒入驻西宁后面对的是一个近代教育尚未起步的社会局面。西宁地区唯一的少数民族普通世俗学校是西宁道佥事杨应琚创建的东关回民社学，当时学生也难超20名。也就是说，从乾隆到马麒主政时期，历经一个半世纪，普通学校教育几乎空白。所以马麒升任甘边宁镇守使后，提出了经营青海的五条方略，首条就是“练兵社学”，同时，为实现其政治抱负，培养良好公民，还大力推行“殖边”计划，其主要内容就是“兴办教育”和“振兴实业”。他对回族现有的学校进行改造，创办了同仁学校（杨应琚创办的回民社学1917改为西宁县立高等小学堂后更名同仁学校），汉族知识分子邵洪恩为校长，由甘边宁海镇守使署直接拨款，扩建校舍，新辟操场，加授体育课，免学费，兼收汉、藏生，人数100余人，这是青海第一所近代回族学校。另外当时小学教育初步发展的另一个标志是兴起了社会力量办学的热潮，比如，1919年，回族秀才白秀珍和回族乡绅马佐汉在民和县创办上川口清真初级小学和，1921年民和马营地区回族绅士王廷贤创办的中棚门回民小学。就这样，同仁学校和各地富绅兴办的回民小学对青海地区回族文化教育事业的发展起了带动作用。另外，马鹤天来西宁考察时，“甘肃回、汉民族，起恶感，生惨剧，以为消馆之法，在兵力而在教育。故余极力劝回教人多入学校，劝将清真学校一律改名，收汉生，入汉人学校，期根本上消除意见，合感情，一思想，灭界限……总宜不分民族界限，达各民族一切平等之目的。”“主张回教学校不必分离，润界限，言语相同，无分立之必要，林烈敷、黎雨民等亦主张之，不曰‘清真’而定名为‘同仁’，兼收汉生。”马麒“认识到，民智，好民族之间的关系，必须从教育方面下手”，听取马鹤天建议，表示在招收学生方面，“不分民族，一视同仁”。所以在1926年，将各地回民小学改为同仁小学，学生由原来的只有回族学神扩招其他各族，汉族学生逐渐增多，藏族、土族学生只有一二，为数不多。为进一步推动回族教育的发展，马麒接受幕僚们及青海教育界人士的意见，于1922年成立宁海回教促进会，这时以穆斯林社会为主的回促会办学局面开始形成，这也是马麒自办教育的重要起点，马麒亲任会长，以西宁东关清真大寺为中心，教长马骏为副会长，其办学宗旨是“促进回教青年学子教育，并阐发回教真滴”。以振兴伊斯兰教为旗帜倡办教育，兼具宗教团体和教育机构的双重性质。这也意味着回族小学教育的发展从此开始依附于促进会的兴衰交替发展而前行。回促会成立后，首办“急应进行事宜，筹备设立宁海清真学校。”首先扩大东关同仁小学，学生增加到150名。紧接着，1924年，驻化隆的马步芳创办会立第二同仁小学，同时各地像湟源、贵德、碾伯（乐都、民和）、马燕戎格（化隆）、循化以及西宁先后设立清真小学7所，当时回族大众不愿意送子弟入学，在教育起步较早的化隆县县立学校也没有几个学生，分会学董韩发元对县立学校讽刺说：‘这样大的鞋鞋，为啥没有一个袜袜。’意思是这样大的学校，没有一个娃娃（娃娃指学生）。后来马麒就以行政命令通令回族子弟入学，人数均在50-100名之间。这些学校的办学特点都具有半宗教、办世俗的性质。虽然民族传统观念和宗教性的办学特色限制了小学教育的发展，但是，结束了各县不办学不上学的历史。
马麒主政时期回民教育出现从宗教教育到普通世俗学校教育的实质性转变，普通回族小学的建立也在量上出现扩张，但是，发展还处于一个起步状态，不可避免的存在一些问题，除了人力、财力困难和经验的不足外，还有一个最大的困难就是宗教教育占据主导，垄断了社会教育资源，对于推展普通学校教育是一个最大的阻碍。笔者认为原因如下：首先，回族信仰伊斯兰教，汉文化与伊斯兰教教义相抵触，清真寺阿訇也极力认为”读汉书即为反教”，所以伊斯兰教徒的态度正处于转变的开始，如何扭转少数民族入学即叛教的传统观念是第一步也是关键一步。其次，民国时期，经堂教育层次提升，东关清真大寺一定成程度上已经成为了西北区地区经堂教育的最高学府和中心之一，甚至有人认为，其教学水平之高，“恐全国回民宗教教育中，其地位高者，首屈一指”，加之当时东关清真大寺的掌教李旭东是著名经师，“广览博闻，无与其匹”。所以当时经堂教育、儒家文化各成教育体系，社会以民族和信仰被划分的无形局面依旧存在，在这种情况下，办学问题不仅是教育问题，更牵涉到族群、宗教、地域之别。深知这一点的马麒在全面掌握地方权力之后，突破的重点也就放在了普及初级教育领域。