（一）思想和能力的局限性
基层审计人员结构不合理，大多专业都是财会类，而法律专业、计算机专业、工程类专业较少，如我局非财会专业人员占比不足30%。审计人员知识的不够全面，缺乏长效、系统的知识培训和更新。在对审计工作要求越来越高的大环境下，基层审计队伍的建设难以满足现阶段的需求。同时，科室内的“单兵作战”已形成一种习惯，思维方式和审计方式存在一定的局限性，就算打破科室之间的界限，人员的使用上统筹调配，跳出原有的工作模式也是比较困难的。
（二）审计人员任务过于繁重
地方审计机关因实行“双重领导”的管理体制，普遍存在审计任务繁重与审计力量人手不足的问题。开展“大兵团作战”的审计模式，抽调各个科室的人员“混搭”起来，在基层审计机关人手紧缺、专业结构失调的情况下，审计人员可能同时审计多个项目，特别是计算机、工程类专业审计人员经常同时多地开展工作，疲于应付各种任务，无法专心投入，反而得不偿失。
（三）审计成效难以把握
随着审计不断开拓新的领域，实施的审计项目越来越大，大型综合型审计项目越来越多，对审计技术的要求越来越高。审计机关往往需要精通财务、工程、计算机等多种专业人员，审计组长冲破传统的组织结构将成员集中起来，迅速组成高效、专业的审计组。多个科室的共同合作，合作与交流方面存在一定困难，易流于形式。这需要一位有经验、有资历的审计组组长，通过某些措施，加强成员之间的交流和管理，才能解决好管理冲突、审计资源整合不够、组织协调不到位，实现审计过程的有效控制，保证审计项目的质量。