（一）启动特别代表人诉讼的条件范围狭窄
《证券法》第九十五条规定投资者保护机构提起特殊代表人诉讼前必须受五十名以上投资者的委托，结合我国提起证券侵权诉讼严格的前置程序，这样的设置并不是为了严格防止滥诉。假设一起证券虚假陈述案件权利人的维权意识普遍不高，且该上市公司实施违法行为期间大盘指数走向良好、投资者损失微小，导致了委托投资者保护机构提起诉讼的实际人数不足五十人。那么，在类似情况下，即使该公司虚假陈述行径恶劣，投资者保护机构也不能代表权利人提起诉讼并采用“默示加入”规则保护全部投资者的利益，提起特别代表人诉讼程序的前置条件范围明显过于狭窄。
（二）代表人的选任规则和激励措施不完善
上海金融法院出台的《规定》第二十一条说明了普通代表人诉讼中代表人选任的规则，其中代表人的推选由全体成员在线投票超半数选出，对于法院依职权推荐的代表人则必须符合典型性、占有利益诉求等充分性条件。在投资者投票选举代表人时，其虽然规定了后续撤换代表人时应先经法院同意，但是并未设置选举代表人时法院的资格审查权，这样的设置对于司法机关合理预防机会主义来说，缺失了部分事先审查功能。在特殊代表人诉讼中，投服中心是我国现在唯一一个真正意义上参与诉讼的投资者保护机构。伴随着代表人诉讼案件的激增，投资者保护机构的唯一性会导致投资者求助渠道的单一。另外，搭便车的心理会使人们更倾向于坐享其成，因此针对代表人的激励措施能够促使其更好地代表全体原告的利益，遗憾的是，立法对此并没有做过多规定。
（三）缺乏诉讼律师激励手段
作为证券集体诉讼的推进的主动力之一，律师以其专业的知识为权利人提供代理服务。对于损失金额较小的投资者来说，往往会考虑自己是否有能力垫付高额的律师费，而且大部分人会因为索赔金额较小而放弃诉权。律师酬金缺乏激励手段，这让投资者保持着理性的冷漠。对于制度设计来说，如何保证两者双赢的局面，这个问题在律师酬金方面也未有体现。
(四)赔偿和分配方式模糊
深圳中院出台的《指引》第七十五条规定了代表人诉讼的辅助执行机制，即法院可将执行款项交由投资者保护机构提存，由投资者保护机构通过证券交易结算系统向胜诉投资者进行二次分配。由此可见，投服中心在担当诉讼代表的同时又多了一个分配者的角色。这种规定确实能够减轻法院执行的压力，也能够使投资者能够更有效率地得到赔偿。但是在《指引》中，关于赔偿和分配的方式并无具体规定，这无疑会导致法院的实际操作混乱。
（五）诉讼通知方式单一
我国证券代表人诉讼的通知方式主要是由法院发布公告，并在《人民法院报》、《中国证券报》等主流媒介上刊登。权利登记公告的费用由原告先行垫付，后续根据裁判结果由败诉方承担。在诉讼进行的过程中，充分通知是保证当事人实现诉权的必要方式，但是通知方式单一、费用高等问题无疑是增加了原告集体行动的困难。