1、党的组织不健全。不少公立医院党支部没有建立在业务部门之上，未能发挥前线战斗堡垒的作用。或者党组织党员人数过多，远远超过党章规定的每个党支部党员不超过50人的要求，或者存在不能按期有效开展支部日常工作和换届工作。
2、党建队伍能力不足。一是党务干部不足，党务工作能力低。对党务干部的配置重视不够，当下公立医院的基层党组织党务干部大多是从专业人员中挑选和调任的，缺乏系统的党务知识和工作技能培训。二是党员干部兼职较多。目前，公立医院基层党支部或党支部书记基本上都是科室（处室）主任或科（处）长。他们通常忙于各科（处）室的行政管理和医疗业务，学习和研究党务专业知识的精力有限。在实际工作中，大多是照本宣科，成为“传话筒”和“收发室”，为了完成学习任务而学习，缺乏党建知识学习的主动性和自觉性。
3、重医疗业务、轻党建工作。医院是为病人提供医疗保健服务的，专业技术比较强。医务人员从早到晚都在病房和手术室之间忙碌。一些医务人员在一天的高强度工作中，常常累得直不起腰，抬不起腿来，吃不下饭。在这种工作强度特别大的情况下，他们实在没有多少时间和精力去关注党建工作，这就导致了在实际工作中存在“重业务、轻工作”的现象。党建工作为医务工作让路，导致党建工作与医务业务工作脱节，缺乏针对性和针对性，党建工作的主导作用没有得到充分发挥。
4、党的建设的评价机制不完善。一是党建管理制度不完善或执行不严格。有的医院缺乏系统的党建工作制度，有的制度流于表面，不能真正落实到上级检查。二是缺乏健全的党建工作评价机制。平时，我们习惯于在党建工作考核和党员评议上填表、圈圈、打分，缺乏科学的考核标准和方法，考核内容不具体，考核评价流于形式，没有发挥应有的评价效果和激励作用。
5、人员流动性相对较大。现阶段公立医院普遍存在事业编制员工和合同制员工、派遣制员工混合工作的情况，合同制员工和派遣制员工流动性相对较大，加上职工外出进修、学历提升、下乡帮扶、挂职锻炼、借调学习、出国访学、院内轮岗等方面的需要，使党员管理不同程度出现了空档、党员找不到组织或频繁转移组织关系，党员管理工作难度增加。