我国民办高等教育发展至今，民办高校数已达756所，本专科在校生规模708万余人。民办高校分类管理作为一项中央政府推动实施的强制性制度改革和顶层设计，需要一套完善的法律框架和政策体系提供支撑和保障。自《修正案》出台后，国家相关部门及各级地方政府先后制定实施了一揽子配套政策，这些政策措施涉及土地、税收、经费、编制等多个方面，以及教育、财政、工商、国土、民政、发改委等多个部门。
（一）原则性的国家政策
《修正案》中对非营利性和营利性民办学校的扶持与奖励政策进行了补充完善，主要体现在收费项目和标准、各级政府扶持、用地政策、税收优惠、财务清算等方面。
为了确保《修正案》能够有效推进落实，国务院印发了《关于鼓励社会力量兴办教育 促进民办教育健康发展的若干意见》及其任务分工实施方案，对鼓励支持和规范民办教育健康发展进行了制度安排，进一步明确了民办学校分类登记以及实施监督管理的相关政策措施，原则性制定了对民办学校分类管理后的差别化政策体系，强调在财政、税收、用地、收费等方面将对非营利性民办学校给予更大扶持。
国家多部委还联合出台了《民办学校分类登记实施细则》《营利性民办学校监督管理实施细则》两个配套文件。前者重点解决了民办学校“到哪里登记”“如何登记”等问题，规定了民办学校设立审批、分类登记、变更和注册登记等方面的内容；后者则重点解决了营利性民办学校“能办什么学”“如何办学”“如何办好学”等问题，对营利性民办学校的设立、组织机构、教育教学、财务资产、信息公开、变更与终止、监督与处罚等内容作出了具体规定。
《修正案》出台后，民办教育界一直呼吁修订与之相对应的《民办教育促进法实施条例》，但经过近两年的等待，司法部于2018年8月将《民办教育促进法实施条例（修订草案）（送审稿）》向社会征求意见后，便再无下文。期待国家尽快出台更具操作性的关于民办高校生均拨款、税收优惠、土地供应、关联交易监管等方面的政策措施。
（二）差异化的地方政策
实施新政需要鼓励地方进行民办教育政策创新。民办高校分类管理的落地实施，需要各级地方政府根据本地区经济社会发展及教育综合改革情况制定相关政策措施，给予实实在在的指导和帮助。国家要求“各级人民政府要完善制度政策，在政府补贴、政府购买服务、基金奖励、捐资激励、土地划拨、税费减免等方面对非营利性民办学校给予扶持”。截至2020年11月，全国各省（区、市）先后根据《修正案》以及国务院《关于鼓励社会力量兴办教育 促进民办教育健康发展的若干意见》等法律法规，因地制宜地以政府文件形式制定了本地区的配套文件，由于民办高等教育发展省际、校际、类型差异较大，情况复杂多样，因此各地政策存在一定的差异性。
