1体育课程目标与课程建设衔接不畅
课程目标是课程建设的引领与导向。目前，一贯制学校体育课程标准紧跟《义务教育体育与健康课程标准（2011版）》与《普通高中体育与健康课程标准（2017版）》实施，两项《标准》的颁布在一定程度上对我国中小学体育课程改革发挥了积极指引作用，然而从系统视角对基础教育阶段体育课程目标比较分析发现，义务教育阶段与高中阶段体育课程目标存在衔接不畅的问题。
基础教育体育课程在以人为本的人本主义教育理念下，将“健康第一”作为《课标》的指导思想，但义务教育与高中教育两者课程总目标的衔接性不足。义务教育阶段注重学生身心健康发展，高中教育则强调体育的育人功能和学科核心素养，两阶段在学段间的衔接性不足。其次，义务教育课程阶段提出运动参与、运动技能、身体健康、心理健康与社会适应4个阶段性学习目标；高中为运动能力、健康行为、体育品德三个学习目标。两者虽有字面上的区别，但在内容如出一辙，各目标设置结构缺乏递进的层次关系。另外，义务教育阶段初中、小学的课程目标未充分考虑各学段的学习基础、身体特征、体能发展敏感期和心理发展的特点，学段之间未呈现出阶段性、衔接性。总之，当前基础教育各学段课程目标设计自成体系，未考虑各学段的特殊性，缺乏从整体视角的角度联通各阶段的课程目标，课程目标相互衔接的系统性不够。
2体育课程内容层次不连贯
体育课程内容是彰显体育育人属性最直接的方式之一。从现行课程内容的设置发现，年级之间、学段之间存在衔接不连贯、前后重复等问题，致使学生从小学、初中、高中甚至到大学都未真正掌握一至两项运动技能。在教材内容方面，《普通高中体育与健康课程标准（2017版）》游泳项目中对蛙泳初学者提出的标准之一是“水中行走、水中漂浮、踩水和漂浮前行等动作，掌握水中呼救的方法” ，对于高中阶段提出如此低的标准，在义务教育阶段又将如何实施？另外，在各学段的体育教材中出现内容重复现象，如篮球技术从最初原地运球开始编写、田径从短跑开始编写，未遵循学段间的进阶性与连续性。其次，一贯制学校教学内容的衔接问题更加突出，学校教学虽然可以做到连续性、系统性，但体育教学内容的构建却未能根据学校办学特点形成系统连贯的课程体系。小学阶段学习前滚翻、蹲踞式起跑，中学阶段依然学习前滚翻、蹲踞式起跑，改变的仅是授课人 。另外，技能学习超前、滞后现象普遍，为了选拔出“体育苗子”，小学阶段学习足球技战术、篮球“传切配合”、发展专项体能练习等超前学习现象。过早接触专项化练习，不利于学生身心的健康发展，也为下一学段的课程内容增加不可避免的重复。而在高学段学习“滞后”项目，如学习足球颠、传球，篮球原地运球、游戏教学、无身体素质练习等现象频现。教学内容与学生年龄段不符，是低水平的学与教，严重挫伤学生的参与热情，从而一定程度上产生懈怠、消极的学习态度。
3学校体育课程教学方法单一
教学方法是完成教学任务的基本手段，而行之有效的教学方法是促进学生技能学习、健全人格、增强体魄、实现体育育人本质目标的捷径。纵观一贯制学校体育教学方法尚未形成科学、合理的体系，教学模式缺乏创新，形式单一的现状。受传统教育影响，授课方式主要以“教师为中心”，教师通过语言传递、直观感知和实际练习的方法言传身教。其中“示范-模仿式”最为普遍，这种“满堂灌”的方式忽视了学生的个体差异与认知需求，致使部分学生逐渐失去对体育的兴趣。在纵向各学段的词云分析中发现，“比赛”的教学形式为基础教育通用手段。使用比赛的教学形式，能在一定程度上激发学生的进取精神，培养团结合作意识，但其实施条件是学生已经掌握一定的基本技能，否则舍本逐末的方法只会导致体育沦为娱乐的附属品。其次，小学阶段“游戏”形式呈现主导地位，游戏在兴趣引导、氛围调节方面有不可缺少的作用，但单一的教学方法无法满足学生各阶段的发展需求。当前，“放羊式、填鸭式”的教学方法依旧出现在体育课堂，对学生技能掌握、体育课程本质的认识产生阻碍与扭曲。科学的教学方法是以人的身体发育规律、心理发展为依据，从简单到复杂、具体到抽象、个人到集体的顺序与阶段，选择不同的教学方法，呈现出层次性、顺序和阶段的特征，满足各学段的学习要求，并逐步引导学生体育素养的形成与发展。