1. 学校层面
1. 1不合理的教学安排。目前许多学校的研究生课程安排存在时间及数量上的不合理，研究生繁重的学习任务以及两者时间重合的矛盾对临床能力与科研能力的培养与提高造成一定的消极影响。
1.2教学方式的单一，教学上仍较多沿用枯燥的书本灌输无法提高学生的学习激情，研究生教育就是培养学生的自我学习研究查找学习资源的能力。
1.3 生源质量问题。目前研究生的录取有两种方式：一是推免生，二是统考生。研究生招生把关不严，有些学校允许跨专业考研以及研究生初复试占比权重不合理都会影响生源质量，医学本就是严谨的学科没有系统的本科专业知识的学习很难适应研究生生活。
2. 医院层面
2.1 医院缺乏有效的培训考核管理体制。在临床能力的学习过程中，没有严谨的教学过程，教学方式单一，出现考核不严格，走程序及人情分等现象时有发生。
2.2 缺乏奖励机制。医院在给与研究生繁重的临床任务的同时，没有给与一定的生活补助，影响学生学习积极性。
3. 导师层面
缺乏明确的导师遴选及培养标准。研究生的导师队伍发展，是高校研究生教育和办学质量提高的关键，是保证研究生质量的关键环节。明确的、公开的审核评估标准，对于建立高质量的导师团队有重要意义。导师是引导学生进入科研，参与学生科研过程的重要人物，关系着学生的科研选题及论文质量。
4. 学生层面
4.1没有认清科研与临床之间的紧密关系。对于大多数专硕而言，普遍存在临床任务繁重以至于没有科研时间，虽然这是目前研究生培养过程存在的事实，但这也固话了学生的思维，从而在科研上产生了轻视及对科研的恐惧心理。
4.2学生对目前生活补贴数量的不满。对于临床专硕而言，在临床上与其他住培人员付出的劳动一样多，在补助方面与参加规培的人员相比较，虽然有国家以及学校的补助但补贴的数额及标准有很大的差距，导致了同工不同酬的问题。
4.3研究生对自身角色定位不清。研究生处于各种思想交汇，逐渐独立的转型时期，面对复杂的社会人际关系、繁重的科研与临床工作、家庭生活等多方面的压力，没有深刻的认清自身情况，容易产生心理问题，如抑郁、焦虑。