目前各高校普遍的教学过程为理论加上实验，实验教学长期以来被视为理论教学的辅助手段，用于加深对理论教学的理解，所以易造成忽略实验教学的重要性。通常理论部分所占据的时间长，先通过老师在课堂上的讲解，让学生大致了解扫描电镜的结构与原理，应用与特点，实验要求与注意事项，以及如何制取样品的方法，在学生具有一定的理论基础下，再进行实验部分。而实验部分，由于扫描电镜是高精密贵重仪器，西南石油大学新能源与材料学院仅一台扫描电子显微镜作为教学，但做实验的学生很多，尤其是本科生，其实验时间固定、课时固定，且一般是在有关材料分析的课程开课后才开始扫描电子显微镜分析实验课，所以易造成实验课上“粥少僧多”的情况。另外，电镜还担负着研究生的实验教学和教师的科研分析、对外服务等工作，因此本科生的电镜实验不可能按传统做实验的分组模式，人人动手进行实际操作。所以一般由仪器管理老师进一步讲解理论知识后，由上课老师或电镜管理老师进行操作演示，学生再进行分组观看老师的操作演示，学习并记录数据、采集图像，课后进行分析并提交实验报告，最后在期末统一进行考核。
扫描电镜实验课存在的客观条件为电镜设备台套数少，实验课时也较少，但本科生人数较多，且理论教学部分用时长，从而导致学生缺少动手的时间。而主观条件是由于扫描电镜分为真空系统、电子束系统以及成像系统，很多精密部件结构，且所处环境要求较高，因此，不能将其拆装为学生进行形象具体的讲解。设备启动工作时，是处于高真空状态，不能直接观察到内部电子束的运动形式，因此很难通过老师的讲解和示范，让学生快速、清楚地理解电镜工作原理和熟悉其操作，整个实验课下来犹如走马观花。如果要让学生动手实验，本科生一般对电镜的操作不熟练，需在专人指导下进行，若一不注意，易对电镜造成损伤，对于后期电镜的维护和其他科研项目开展等亦有影响。且很多管理员在实验过程中只会按照标准操作进行教学，如果一旦修改了仪器测试相关参数或仪器出点小问题，学生根本不会解决，无法进行自主实验。现阶段仍以验证性的实验为主，在学生不能亲自动手实验、且参与度不高的情况下，整个教学较为枯燥，学生无法专心致志，实验教学的效果达不到开设课程时的预期目的，从而使得在后面撰写实验报告的时候，实验报告重复率较高，到最后学生对于实验的印象也较浅，对仪器仍停留于理论知识层面。