（一）理论教学质量不高
教学质量不高主要体现在教师资源和教学时间不足上。国内医学学术型硕士研究生的教学内容，教学模式，很多是参照国外医学研究生教学培养方式。但是，与国外研究生培养中灵活多样的专业课程设置不同，我国因为研究生人数众多，无法提供多样新颖的课程，教师人数和教学时间的限制使得医学研究生课程设置不够合理，教学内容的更新也跟不上时代的步伐，教学方式也相当的单调，学生一般属于被动的灌输式学习，老师无法针对性的让学生在课堂上充分参与讨论，导致我国模仿国外医学研究生培养只学到皮毛，核心内容没有学到。医学研究生的培养往往忽视理论传承的创新，无法让学生建立树立科研自信心，对医学研究生综合能力的培养产生了负面影响。
（二）实验室软硬件相对薄弱
如今，国内很多医学院校在研究生培养方面的硬件和软件条件都相对薄弱。学校资金不足，实验设备老化，实验器材无法满足学生的研究需求。仅能开展一些常规实验的需要，而高科技实验仪器购置较少。此外，随着研究生招生规模的扩大，实验室老师的配置人员也严重失调，在实验过程中，研究生往往在学长和学姐的帮助下进行教学，没有专门教师的指导，导致缺乏相对正规的实验指导。并且由于分科过细，导致科研实验室比较紧缺，实验室面积小科研人数受限，开放时间短等问题日渐突出。学校实验室主要用于做验证性的医学实验室，缺乏综合性、创新性和设计性的医学实验室。不同高校在实验室安全管理和教育培训方面的工作还不够完善,导致学生安全意识薄弱,安全技能欠缺,增加了实验室安全风险。
（三）缺乏创新意识和科研敏锐性
研究者在学术上要有很强的个性，判断能力和独到的见解。要善于发现问题，爱因斯坦说过：“发现一个问题往往比解决一个问题更重要。”而一些医学学术型硕士研究生往往不具备这种推陈出新和独立判断能力，通常对已有理论或学术成果采取默许态度，只采取前人研究观点，不敢提出异议和质疑。也没有足够的敏锐性，不敢在前人的研究中查漏补缺或者另辟新径。不会问为什么，也就不会想到要怎么做，因此研究生的思维培养在医学研究生培养模式中没有得到很好的体现，如果没有自己的想法，就会制约了医学研究生创新创造能力的发展，学生身份难以转化为医学科研人员身份。