经过三年来消过多的农产品库存、调整产业结构，发展适度规模经营、农药化肥减量化、发展社会化服务等途径降低生产成本，加强农业基础设施建设、增加市场紧缺农产品生产等措施，农业供给侧结构性改革取得显著的阶段性成效。但面对如何深化改革，统筹协调各种资源要素更加有序高效服务“三农”，实现产业振兴，促进乡村经济高质量发展，思路还不够清晰，推进还不够扎实。
1.特色产业规模偏小，产品质量不高。芒果、茶油和蔬菜是左右江革命老区核心区广西百色市右江河谷经济带算得上规模化生产的主要农产品，但由于种植分散，技术管理要求不统一，质量有待提高。西林县的沙糖桔和德保县的脐橙也初具规模，但也由于管理问题，质量参差不齐。凌云县的牛心李是个供不应求的特色精品水果，但由于种植技术和管理跟不上，长果少，产量低、果品质量下降、规模上不来。又如广西的靖西、德保、那坡和云南文山州的富宁县一带，八角、甘蔗、脐橙、沃柑、大山楂、桑蚕等形成一定规模，脐橙、大山楂还取得地理标志保护产品，但由于管理不统一，质量、价格也参差不齐，主要卖鲜果，沃柑也如此；八角是老产业，有规模，有茴油初加工，但由于市场上有了替代产品，需求数量少、价格不振，缺乏深加工；甘蔗产业是个吹糠见米的产业，最受农民欢迎，但由于各家各户生产经营，机械化程度低，成本趋高，种植面积不稳定，产量逐年减少；桑蚕是新发展的产业，规模逐步扩大，但生产和加工管理也有待加强。
同时，还存在产品质量安全问题。在农业生产中滥用农药化肥、生长激素等情况还时有发生，一些水果生产基地承包给外地人员经营管理，在利润驱使下，采用伪技术在护果袋中施放膨化剂、生长素等违禁药物让果实长大长匀，更好叫卖；一些水产品在运输、销售过程中偷用孔雀石绿、硝基呋喃、氯霉素等高毒致癌等禁用物质；农产品的质量安全检测体系建设总体上还相当薄弱。
2.对“三品一标”生产重视不够。在推进产业发展特别是在发展扶贫产业中，往往只注重抓短平快项目，对“三品一标”、功能农产品生产还不够重视，数量少。如百色市2018年“三品一标”认证和保护的耕地面积累计有585.5万亩，占全市耕地面积673.47万亩的86.9%，但“三品一标”种植面积才有49.8万亩，只占全市耕地面积的7.4%、占获得认证和保护面积的8.5%；获得国家地理标志认证保护产品也才有30多个，并且多数产品生产未成规模，缺乏长效的科学种养管护机制，有的甚至已经渐显衰落。贵州全省2018年上半年“三品一标”种植面积高达51.2%，但黔南、黔西南两州仅为20%左右。云南文山州也仅达18%。河池市、崇左市仅为10%左右。这两年各地更加忙于脱贫攻坚，对之少列入议事日程，实无多大进展。在功能农产品方面，整个区域只开发了一些富硒等农产品，还未建有更多功能农产品的农业园区。
3.农业经营主体不尽发达。现代农业生产不仅需要有小农户、更需要有专业大户、家庭农场、龙头企业、农业公司、合作社、集体经济组织等多种经营主体来共同经营。在当代这些新型经营主体数量少、带动能力弱，全区域当前种植养殖的农业生产仍以小农户经营为主，服务主体也为数不多。与此同时，在广大山区农村，农民后代不当农民已事实上存在，当代农民后代不愿意做农活，都到城市打工，最基本的农业经营主体——小农户正在逐步缺失，基本农田少有人耕种，水利设施没人修建。农村经济能人稀少，职业农民少，村民合作社或村级农业公司机构虽然都已挂牌成立，但大多数都是空转，没有真正运营起来，集体经济收入少，经营水平低，入股企业分红比重大，自主发展能力弱。