1）人才培养目标定位模糊，在学术与应用之间摇摆不定
在应用型人才的培养问题上，一直以来，人们往往在认识上存在着一定的误区与偏见，进而引发人才培养与目标定位有所偏离。长期以来人们简单地将“应用型”人才与“学术型”人才进行划分，甚至错误地认为前者是一种“低层次”的。久而久之，地方高校在人才培养的过程中缺乏荣誉感，自信心不足，导致在实际的培养过程中，地方高校总是自觉或不自觉地将培养目标在“学术型”与“应用型”之间“摇摆”，造成培养目标不清晰。
2）师资队伍不强，人才培养质量难以保证
应用型人才的培养需要有高素质应用型的教师，特别是需要有“双师型”教师，要求他们不仅要有广博且扎实的理论知识，而且要有丰富而熟练的生产实践技能。建设一支理论素养高、专业技能强的高层次“双师型”的教师队伍是新时期应用型地方高校培养应用型人才的关键核心要求。然而，当前的地方应用型本科院校在“双师型”教师队伍建设中普遍存在着一些不足之处。首先，地方高校在扩大办学规模的过程中抑或为了提升自身的办学影响力，盲目效仿综合性大学，在教师引进或常规补充中机制不够完善，往往偏离了学校人才培养目标的应用型定位，过分追求高学历的人才，而忽视了“双师型”教师的补充。其次，高学历教师的招聘倾向于985和211的综合性大学博士，这些人才有着较为明显学术倾向性，也导致了师资结构性矛盾的出现，即教师们的实验与实践技术是短板，理论学术水平还可以，但因没有经过专业的培训，实践能力不足、专业技能较差，难以满足应用型人才培养的需要。第三，受认识观念影响或办学条件所限，地方高校很少从校外的企业中外聘有行业背景的技术人员参与教学，从而失去了学校教师与企业实践人员相互影响和相互促进的良好机会；地方高校也很少组织校内的教师走向基层、进社区和进企业，实地培训或锻炼较为欠缺，因此难以收获“产学研”相结合所生成的合力，这些原因均会使得地方高校教师培养应用型人才的胜任力不足，应用型高技能人才质量难以保证。
3）教学过程中的“实践性”不足
与研究型人才培养的最大区别，应用型人才培养应该更加注重实践教学，更加注重学生实践应用能力的培养，通过理论教学指导实践，理论教学辅助实践教学来提高学生实践能力。但受传统研究型大学的影响，当前大部分的地方本科高校在实际教学中没有重视实践教学，存在重理论轻实践的问题，实践课时明显偏省，且普遍存在理论教学和实践教学两张皮，没有很好地结合在一起，理论教学与实际应用相差甚远，理论教学无法指导实践，而实践又没有很好辅助理论教学，教学内容不符合社会经济发展对人才的需求实际需要。