（一）政府层面：部门利益冲突加剧政策执行“碎片化”
农村环境治理需要长期的施治目标与短期有效的施治管理绩效，要求农村环境治理要从时间和实践两方面同时入手，实现政策制定、执行、评估、终结、监督的长效统一。然而在实际的施政过程中，基于不同的利益取向，政府治理农村环境过程中各部门往往会出现利益冲突，这种冲突的现象加剧了农村环境治理中碎片化的实施困境：主要表现在政府治理职能的碎片化，农村环保政策的碎片化，农村环境治理的碎片化等三方面。细究碎片化原因，基层政府在职能设置上条块分割，在政策执行上各自为政，是碎片化状态形成的主要原因。
（二）市场层面：利润空间小，参与治理的积极性较弱
专项资金的缺乏增添了农村环境治理过程的艰巨性。由于我国长期实施城乡分治的大战略，这种策略使乡村地区获得足量的环境建设规划投资与污染治理资金困难。此外，环境保护是一项公益事业，往往具有非营利性性质。这种特质尤其表现在乡村环境保护和治理领域。对市场的资金吸引力疲软。现阶段的农村环境公共投资政策，就其政策目标的靶向瞄准性与政策实施的有效性方面仍存在较多不足，需要重视环境公共政策实际落地效果，提高公共治理项目投资决策的绩效，激活农村环境治理的市场活力。
（三）社会层面：社会组织发展滞后
在农村等欠发达地区社会组织发展往往滞后，能承接到的政府公共服务项目较少，难以起到补充社会管理发展的作用。主要原因是因为政府高标准的公共服务要求与基层地区社会组织资质低、专业人才少、规模小的供给需求矛盾。而在一些经济发达的地区，一些符合条件且拥有承接能力的社会组织往往出于薪酬、交通等经济利益考虑，没有在基层设置派出机构，造成农村环境治理项目社会组织缺位的现状。其次是目标与行动的矛盾。农村环境治理的社会组织行动目的往往是为了维护农业环境和落实污染治理效果。但由于污染治理难度效果大，存在实际的行动困境。这些困境主要来自于政府的在备案登记操作的双重管制与环保组织自身资金的缺失，这使得农村环保组织难以充分专业、理性地发挥集体行动效果，实现更明显的社会影响力与公众参与。
（四）群众层面：冷漠化与主体性作用缺失
以往的处理方式无法彻底解决垃圾增量的污染问题，需要政府对农村环境和农村垃圾事务的重新介入。而城乡环卫一体化等政策却悬置了农民的主体地位，外部力量的介入将个体垃圾处理彻底转换为国家事务，农民从“国家与农民”合作中抽身，削弱了农民自觉监督的意愿、消解农村社区的约束。农民为追求个人利益的行为可能肆意使用农药和化肥、随意处理农村垃圾与畜禽粪便，导致土壤破坏，造成污染。农村是封闭的“熟人社会”，在群体的压力与期望下，个体会主动内化社会规范，实现个人规范的激活。如当周围农户都主动进行畜禽粪污资源化时，农户会为了避免遭到群体的惩罚而自觉进行。因此，推进村民参与环境治理可以通过“由内到外”监管机制方式达成。逐步量化的环保考评机制下，部分地方领导由于家长式、管控式的运作惯性，强制要求村民参与治理相关的调查、采访和座谈活动。这些种种不断演变成村民的负担，使得村民与农村污染治理处于一种疏离甚至对立的状态。此外，政府出于对乡村社会的维护，局限乡村组织的成立和发展，或至其发展滞后，往往限制乡村自治力量。