由于课程特色、课时安排、教师的重视程度和课程思政设计的方法等原因，现有程序设计类课程的思政建设存在诸多困难和不足。
第一，教学内容专业性强，思政内容融入难度大。程序设计类课程专业性强，概念抽象，偏重学生逻辑推理和算法设计等思维能力的培养。以Android移动开发为例，该课程主要讲授的内容包括 Android开发环境的搭建、界面编程、四大组件、图形与图像处理、数据存储、多媒体开发、网络应用等。从教学内容可发现，程序设计类课程授课无法像人文社科类课程一样融入大量典故和案例，课程思政设计存在挑战。
第二，教学内容多学时少，思政内容拓展存在挑战。以Android移动开发课程为例，该课程以Java编程为先导课程，要求学生掌握类、对象、继承和接口等相关内容。基于Android移动平台的特点，学生还要了解硬件设备的相关知识，如网络设备、传感器和媒体等。并且课程重视动手和熟练，学生必须经历大量上机练习，进行代码阅读、错误调试等。时间紧、任务重，思政元素的导入难以展开和过多延伸。因此，融入课程思政必须充分发挥教师的创造性，尤其要实现实训任务和思政教育的结合，才能使思政教育达到有深度、有广度、有力度的效果。
第三，思维转变滞后，重视不足。在教学目标制定方面，多数程序设计类课程教师关注的是专业知识的传授，对育人目标重视不足。部分教师还认为思政教育应该是思政课教师、辅导员和班主任的责任。从现有文献来看，程序设计类课程开展思政教育的研究明显少于人文社科类课程。
第四，碎片式思政元素挖掘，缺乏整体设计。对程序设计类课程的育人目标，任课教师们已基本达成共识：培养学生精益求精的大国工匠精神，激发学生科技报国的家国情怀。但该目标实现需要具体的方案和措施来落地。现有程序设计类课程思政的研究，多为按照章节进行的思政元素挖掘，或者个别案例的分享，缺乏开展课程思政的整体设计和系统思考。