1.优化部门数量，明确岗位职责
首先要进行部门精简，撤掉不必要的部门，同时建立科学合理的员工招聘与考核机制，采用科学先进的人事管理制度，并且加大力度监督招聘流程，防止徇私舞弊，私相授受。高校普遍存在的一个问题就是非教师职工招聘存在很大的舞弊隐患，尤其像财务这种关键岗位，应该公开透明整个招聘流程，择优录取。由于高校普遍存在财务人员短缺的情况，财务岗位设置必然会出现一人多岗现象，要做好资金管理、综合财务、经费结算以及经济管理这几个科室的职责分离，具体明确分工，严格控制交叉任职。
2.加强财务人员队伍的建设
高校各项事业的快速发展对财务管理队伍整体管理水平、人员素质和业务能力提出了更高的要求，学校应该引入相关专业人才，协助改善学校的财务工作。定期进行财务人员的业务培训，鼓励经验交流，促使财务员不断学习，更新业务知识以适应高校的快速发展；同时加强对财务岗位人员的法治教育，提高职业道德，从人员关系上预防各岗位的串通舞弊。
3.加强不相容岗位的控制
一方面要从科学的角度对财务岗位进行划分，按照“相互独立、相互牵制”的原则加强岗位控制；另一方面要严格控制岗位设置，增强独立性，做到独立操作。同时加强审计处的独立性，利用校长直接领导的优势，组织协调内部控制工作；同时设立专门的内控监督机构，要做好监督的反馈工作，对违反学校内控制度的行为，及时的上报反馈。同时纪委监察处要调配专业的人员查收验证监督工作，与审计人员协助发挥监督作用。
4.建立完整系统的信息流
WSD高校没有实现信息系统在各部门和各学院的覆盖，各个学院之间信息不能及时共享，使得财务与业务之间的信息分离，会计信息不能准确及时传递至财务部门，应该提升校内信息共享能力，学院之间建立信息化共享系统，使各项业务活动都包含其中，形成一个完整的内控系统。