（一）传统文化的制约，缺陷思想根深蒂固
西方融合教育的发展对我国融合教育产生了影响深远，例如零拒绝、无歧视等理念都先后传入我国。但是零拒绝理念在我国的实践中受到诸多挑战，虽然我国对残疾人的态度逐渐改变，但 “缺陷”思想仍然是根深蒂固，SEN学生被排斥等成为其存在的最为直接的证据。传统文化带来的“缺陷”思想无法真正将残疾、特殊需要进行逻辑转化。虽然融合教育人数增加，但是在校率却持续不高，人们对融合教育的发展与实施产生了诸多质疑。
（二）教育安置的挑战，就读质量不尽人意
融合教育的最终目的是将SEN学生纳入社会生活的主流，赋予SEN学生平等教育权，其意蕴之一就是给予儿童更多选择权，使之获得更多“合适”的教育，为其提供各种合适支持和服务。但是我们需要看到，这种选择权并不意味着不分对象，也不分安置模式，融合教育遭遇的回流现象就是对“普教不能拒绝”逻辑的巨大抨击，同时融合教育就读质量不佳也是不争的事实。但是普通学校和特殊教育学校双轨发展却模糊了人们对教育安置问题的判断，同时是否会造成“普特二元”的教育制度。个体的差异性一直是提供何种教育的逻辑原点，实现精准安置是可以发挥融合教育的有效性，但是它也影响到个体和社会彼此之间的协调与分化。
（三）教育目的的质疑，情感态度偏见歧视
SEN学生的身份在偏见与认同之间交织与碰撞。偏见把SEN学生的身份从人降为不具有完整意义的人。在社会中，对SEN学生的身份认识一直存在着污名化的隐性印记。融合教育实践中，普通学生容易对SEN学生的身份认同产生心理上的偏差，将其视为“缺陷儿”，这不是普通儿童的问题，而是社会秩序和公共规则的缺陷，偏见和歧视是社会建构的产物。融合教育的最终目的是将SEN学生纳入社会生活的主流，但是SEN学生在普通教育里却也承受着各种各样的偏见与歧视，并没有达到融合教育所肩负的美好愿景，与其背道而驰。
（四）教育资源的缺失，外在支持资源紧缺
在一系列法律法规先后制定出台的背景下，融合教育迅速发展，许多普通学校也开始自我转变，在硬件与软件方面双管齐下，但是仍然无法满足SEN学生的需要。虽然融合教育在一定程度上缓解了教师不足的局面，但是不可否认的是专业教师的数量不足一直是发展的短板，这直接影响到融合教育的资源支持。另外我们都知道融合班教室是不同于普通班教室的，虽然很多普校也在建设资源教室，但其专业化仍然存在很大差距。虽然国家已经完成了顶层设计，例如随班就读、送教上门和远程教育等举措的实施，但是大多数普通学校并没有形成相应的制度，因此融合教育并没有真正有效实施。