针对本课程在教学和学生层面存在的主要问题，本团队按照金课的要求，将工程认证需求作为教学理念，通过顶层设计打通《生物化学》和《环境工程微生物》两门课程的界限，重塑课程内容，保证基础的同时突出前沿和挑战性。将课程教学深度融合现代化信息技术，实现课程内外共鸣式智慧教学。重视线下教学资源，运用创新教学模式和方法从课堂内、课堂外两个维度构建立体化的生物基础课程创新教学体系，详细分为以下两点：
一是重视课堂教学主战场，通过深度设计课堂教学教案，挖掘课程中的经典案例、著名人物轶事等相关热点开展课程思政；结合课程特点运用多种创新型的教学手段，如课程教学中探索引导式及科研案例式教学模式，通过“问题导入→启发思考→共同分析→构建知识体系→知识的运用”培养同学们的学习兴趣，加深对内容的理解，构建以学生为中心的教育理念；将生物知识点与生活实际相关联，通过提升学习兴趣加强学习效果并且加深对生命的理解，通过加强对健康的认识来提升人文素养。通过这些教学手段一方面提升同学们对基础知识、理论的理解和应用，进一步实现知识培养目标，另一方面侧重培养自主探究、分析和创造的能力，以实现课程的能力和素质目标，通过深度背课并且挖掘课程中的经典案例、人物及历史背景和时政热点来实现思政育人。
二是将环境生物基础教学延伸至课堂外。充分利用网上的慕课等线上学习资源来巩固课堂上的教学内容，弥补课堂教学学时有限的问题。同时与暑期实践、科研选题竞赛、大学生创新实验、学科竞赛等与创新育人载体深度融合，为生物基础好并有浓厚兴趣的同学提供环境生物类课题和项目。体现差异性教学，提升学生的创新能力及运用生物基础原理和技术解决环境工程领域问题的能力，培养具有一定生物基础知识的环境工程拔尖人才。