审计部门运用审计成果提升了审计效率、降低了审计成本和审计风险等等。假设审计成果可以作为审计产品，那么使用者就会从中受益。客户需要先“购买”审计产品，审计部门的成果才有机会实现其价值。从浅层面上看，是审计部门在运用审计成果，然而，实际上，是使用成果的客户让审计产品成为“成果”。因此，审计成果的使用者可以是审计的三方关系人，如股东、经营层、被审计单位的各级职能部门等等。审计署令第11号中也提到对国家机关、事业单位和国有企业三级以下单位进行审计时，应当有效利用内部审计成果。
然而当前的内部审计成果并没有得到充分的利用，通常一个审计项目的审计报告出具后就代表审计结束了，对于审计成果中的审计建议整改并没有落实到位。2018年4月底，刘红梅等围绕审计署令第11号的规定，以内部审计工作质量为核心设计问卷，对内部审计的工作情况进行调查。问卷调查中关于内部审计成果运用情况的分析结果显示，审计成果的运用形式主要以审计整改和根据审计意见及建议制定和完善相关管理制度为主，而审计成果被政府审计或上级主管部门的审计所运用的形式所占的比例最低，单位对审计中发现的重大违纪违法问题线索，及时将相关线索移送纪检监察或司法机关、审计结果及整改情况作为考核、任免、奖惩干部和相关决策的重要依据等审计结果的运用也并不充分。
基于上述论述，当前国家审计对内部审计成果运用存在的问题主要有：
（一）受审计体制和利益关系一致性的制约
内部审计部门作为政府的职能部门，主要以揭露问题为主，在实际工作中可能并不能很好的发挥作用，比如在对领导干部进行经济责任审计时，审计结果公开可能会受到行政干预，或者从“保密性”的角度来看，可能会选择性的向社会公众公布，审计成果的使用者并没有得到充分的审计信息，这在一定程度上会影响审计成果发挥作用的效力。另一方面，如果内审人员和审计单位具有利益一致性，比如很多大型国有企事业单位，其内部审计人员的薪酬往往受制于管理层，那么内部审计部门很可能为了维护自身的利益，对于一些不正当的做法采取默认的态度。再者，内部审计人员在开展审计工作过程中或多或少的会受到客观环境的影响，比如外部环境、人际关系、组织因素等等。
（二）内部审计成果质量不高
内部审计质量不高的原因可能的因素有：第一，面对信息技术的飞速发展，审计单位在很多业务的处理上都采用了现代化的技术，现有的审计方法和审计手段可能并不能适应这种进步；第二，很多单位的内部审计人员可能是从财务部门转过来的，其自身专业能力和职业判断力不强，此外，部分审计人员在思想上可能也没有意识到内部审计成果利用的重要性，普遍性的认为内审人员的工作范围只是提出审计报告、下达审计决定，至于审计意见是否得到执行，并不关心，这可能也会导致审计成果质量不高、审计重点不突出、审计意见和建议不具有参考性等等；第三，内部审计法规制度建设还不够完善，比如缺乏审计定性或者定量评价标准，可能会导致审计人员在对审计单位进行评价时，没有一个统一的标准，不能使审计成果使用者很好的理解。
（三）相关部门间缺乏联动机制
对于在内部审计过程中发现的审计问题，如果后续没有得到恰当的落实，这不能只归咎于审计机关自身，审计成果的运用需要审计使用者们进行协调配合才能得以实现。所谓审计成果共享就是相关部门和单位利用审计成果的具体形式，主要包括:上下级审计机关对审计成果的共享；同级审计机关不同处(科)室对审计成果的共享；审计机关与组织、纪检、监察、检察、公安等部门对审计成果的共享。目前审计成果共享在相关部门和单位还没有充分运用。主要原因可能是：第一，没有明确的审计成果分享机制，审计机关内部以及审计机关与外部机构之间的共享渠道不畅通；第二，审计整体计划的安排较为混乱，不利于审计人员对内部审计成果进行转化。
（四）审计整改难
审计整改是指被审计单位对审计人员在依照法律法规和职业道德的前提下，对在其自身中发现的问题进行纠正和改正的过程。审计整改包括两个方面的内容，一是被审计单位对审计机关所做出的的审计决定进行落实，二是被审计单位合理采纳内部审计提出的审计意见，并采取相应措施进行改正和修缮，完善自身的制度，降低业务风险。