内控环境不重视，缺乏专业的内控队伍。高校教工党员因年龄、背景、研究方向等方面存在差异，容易产生多元化的思想认知和较为复杂的社会关系，这首先就可能在一定程度上削弱了教工对政治生活的关注，直接影响着高校基层党支部的建设发展。同时，随着高校体制改革的不断深化和“双一流”建设的高标准要求，目前高校的教学、科研和行政管理事务繁重，基层部门工作琐碎，这也就会造成部门领导和教工忽视对基层党支部的日常建设，更何况是其中无法用丰富多彩的组织生活活动进行支撑的比较严肃的内控建设。此外，内控建设对于制度、监督、规范等方面的严格要求，造成其管理人员的党务专业化水平要求较高，而高校基层教工党支部的支委成员多为兼职，抓党务工作时间不能充分保证，参加党务培训机会也比较少，这都使得内控建设难以得到切实且有效的贯彻和执行。
第一，基层领导未深切理会内控建设的重要性。部分基层教工党支部领导对加强党支部内控建设是促进支部工作合规、合理、稳步发展以及防控自身廉政风险、服务本职工作的重要性和必要性认识不足，抓而不紧，甚至有些领导还认为内控制度是“束缚手脚”，限制工作开展的灵活性，缺乏对党务工作的认识高度。因此，在实际工作中只注重抓本职工作的进度或支部常规组织生活、主题学习教育等的开展数量，忽视支部活动的质量和内控制度的建设等。
第二，基层教工党员缺乏内控建设的自觉性。存在部分基层教工党员认为，作为普通党员，上级怎么要求，基层党支部就怎么制定，自己照办就行，这种缺乏参与自觉性、主动性和积极性的现象导致内控建设落实困难。甚至有人认为内控建设是党建工作范畴，这是支部书记、支委成员的事，普通党员只要配合就好，对内控建设认识存在“错位”、缺少对内控建设的认知和参与内控建设的主动意识，从而导致内控建设过程中消极应付和走过场的现象。
内控制度不健全，缺乏夯实的实施基础。内控制度是内控建设的骨架，是内控建设得以开展和实施的基础，因此任何组织要想开展内控建设，必须先要有健全、严密且操作性强的内控制度作为前提。在内控制度的制定和执行方面，高校的校级党委部门通常会制定比较全面的规章制度。例如公示颁布各类关于党员发展、党费使用、党组织建设等校级党建工作文件。诚然，基层教工党支部因为构成人员人数、党建工作要求、组织生活规模等原因，难以形成类似党委那样正式颁发的制度文件。但在日常的组织生活中，其仍需按照上级党委的各项规定制定本支部活动开展、组织建设等的规章制度。但在实际的操作中，很多的基层教工党支部却并未能严肃认真的做到：一是由于专业党务知识学习不全面，基层教工党支部容易缺乏对于《党章》以及上级党委各项制度的系统熟知和有效掌握，尤其是对于党员发展流程、书记或支委换届、党员民主测评等需要严格对待的操作性事务，在基层党支部并没有制定相应的规章制度，实行“专人专岗”，这就常常造成操作流程简化或是滞后的情况：二是在从严治党的背景下和学校党委的严格要求下，部分基层教工党支部建立起了一些日常工作中的规章制度，如：每月最后一周周三下午为固定的组织生活时间；全体支部党员都要进行一次“我讲党课”活动；每次学习交流活动的学习材料都编辑成册、存档留存等等。但从这些规定中我们可以看出，基层教工党支部的制度规定主要停留在支部生活的组织开展上，但在督查检查、考核问责、发展党员等方面，仍存在着一定的缺乏，并未形成完善、整体的系统化建设。