（一）检察官团体的专业化建设
近年来，随着经济社会的发展，知识产权犯罪、金融犯罪、网络电信诈骗新型案件不断涌现。以金融犯罪为例，据相关数据统计，2013 年至 2017 年，全国破坏金融管理秩序、金融诈骗犯罪增长了 220%。非法吸收公众存款一审刑事案件更是增长了 320%。仅以上海市高级法院的受案情况为例，2017 年与 2015 年相比，非法吸收公共存款罪案件就增长了 159%，集资诈骗罪案件则增长了 150%。不断增多的新型疑难案件对承办检察官的个人素质和专业化的水平提出了更高的要求。
内设机构在改革后，比如金融经济类型案件，由第四检察厅专门负责办理。案件从一开始的侦查、审查逮捕、审查起诉、提起公诉、派员出庭都是由第四检察厅的该案件承办检察官负责。检察官不仅仅需要掌握刑事诉讼法的相关程序知识，更要了解经济类犯罪、金融类案件涉及到的一些专业知识。作为2000年的“中科创业”操纵证券交易价格案的承办检察院，北京市人民检察院二分院的吴检察官在后续接受采访时候表示，从一开始接手该案的“发懵”、对金融专业知识的“发憷”、到成为在法庭上独当一面的金融专业型公诉人，这中间付出了难以言说的努力、日日夜夜的学习。该案是新刑法实施后全国首例典型的操纵证券交易价格案，影响大、审查取证困难，而且操纵股票交易价格是非常专业的行为，往往此类案件资料浩繁，证据专业性强，对证券行业了解不深的人很难弄懂，对检察官的业务能力是一种极大的考验。这一案件也催生了检察官团队的专业化设置。
另一方面，在捕诉分离模式之下，分段式的审查起诉模式使得检察官对案件的把握缺乏综合性的视角。侦查监督科只需要判断案件在现有的证据条件下是否符合逮捕的条件，负责起诉阶段中的检察官只需要判断是否符合起诉的条件，业务上呈现单一性和碎片化，最终造成检察机关的业务被人为割裂，缺乏全能型人才。
（二）落实司法责任制
如前所述，在内设机构改革之前，审查逮捕和审查起诉由不同的检察官完成，刑事诉讼的各个程序阶段是分段的，每一个阶段都有不同的检察官进行负责或者参与。而在案件办理过程中，每一个阶段都可能出现问题，前一阶段的瑕疵会造成后一阶段的严重错误。在追责的时候容易出现人人有责任的局面，但是人人有责任往往演变成人人无责，从而难以落实司法责任。
改革之后，审查起诉模式从之前的分段式变成了部门团队式。在这种模式下，一个案件由一个办案组或检察官负责到底，司法责任非常清晰，避免了批捕、公诉人员为案件质量和错案推诿的问题。
（三）落实分类管理
分类管理也是基于实践需求。一方面，新类型案件的不断涌现检察官的个人素质和专业化的水平提出了更高的要求，从而催生出内设机构的部门化设置改革这一举措。另一方面，生态环境保护、食品药品安全问题频频发生，民事、行政申诉案件过去几年大幅度上升，民事行政检察厅不能满足人民群众新时代对检察机关职权行使的需求。因此，此次内设机构改革中增加了行政检察厅、民事检察厅以及公益诉讼检察厅，将原来的短板性职能通过机构重组和内部组织建设、人员配置予以大幅度强化，使长期薄弱的民事检察、行政检察以及新赋权的公益诉讼检察与刑事检察并驾齐驱，平衡推进。