（一）对专门化的质疑
内设机构改革之后，十大检察厅的设置是依据案件类型分的。对于不同检察厅的检察官来说，在具备基本的诉讼法学知识之外，还需要了解各专业类型案件中涉及的基础知识。比如，金融证券类型案件中必然会涉及到证券、票据、结算、担保、国际金融、保险、信托、基金等领域。[8]检察院在短时间内完成内设机构改革能否和检察官的专业能力提升相同步相匹配是值得质疑的点。
内设机构的专业化并不代表检察官能力的专业化，机构的改革属于制度层面，可以短期内完成，然而检察官的能力的提升是一个渐进的过程，需要经验的积累和时间的沉淀。例如，改革后，刑事检察部门新增了传统上由控告申诉检察部门负责的刑事申诉案件办理任务，这让大部分长期从事批捕、起诉业务的检察人员感到十分陌生。再比如，改革之前负责审查批捕的检察官在独立承办案件进行审查起诉时，对是否符合审查起诉的证据把控标准能否区别于从审查逮捕阶段的证据标准也应当予以考虑。如果检察官的业务能力和专业能力的提升不能在案件中反映出来，那么内设机构改革促进专业化仅仅是行专业之名，而无专业之实。
（二）对提升质效的质疑
内设机构改革之后促进了司法资源的优化配置，能够最大程度整合检察职能，发挥整体效应，节约人力成本，避免重复阅卷、审查、取证、制作审查报告等情况，节约诉讼资源，提高办案效率。然而，办案的质效评判离不开对承办检察官的能力评价。
改革之后，一个案件的审查逮捕和审查起诉由同一检察官负责。在办案过程中是否出现差错以及案件的质量只取决于该检察官。但是在改革之后，捕诉分离意味着两个阶段由不同的检察官负责，假设前一阶段的检察官在业务上出现差错，后一阶段的检察官为了防止案件最终方向的偏离以及错案的发生，会积极纠正前一阶段的差错。不妨假设，改革之后承办某案件的检察官业务能力为100分，改革之前审查逮捕阶段的检察官业务能力为60分，审查起诉阶段的检察官业务能力为70分，在后一阶段的阶段检察官纠正差错之后，同样可以达到100分的水平，甚至是“1+1>2”的水平。另一种情况是，改革之后的承办检察官业务能力为50分，若如此，办案质效则远远低于改革之前捕诉分离模式的情形。
因此，脱离个体检察官的业务能力去谈案件质效的提升是不合理的。
（三）模式构建的反思
内设机构的改革不仅仅是简单的机构撤销与合并，而是审查起诉模式的彻底转变、检察官工作流程的再造。审查起诉模式从流水线转变为部门式的模式之下，如何做好检察机关内部的监督和制约需要进一步探讨。
1.建立检察官助理辅助与监督制度。
员额制改革之后，检察官配备一名固定的助理。对于检察官助理的职权不应仅限于助手，也应当赋予助理一定的话语权。在案件办理过程中，检察官助理可以针对审查逮捕、审查起诉发表不同意见，并做如实记录。即使是助理这一辅助地位，也并不意味着对于承办检察官意见的完全服从。尤其是存在程序瑕疵或者错误的风险时，助理应当提醒、指正或者是禀报上级予以监督。