关于宅基地的权利配置，经历了从单一的宅基地所有权农民所有，到宅基地所有权与宅基地使用权“两权分置”的模式，即宅基地所有权归集体所有，集体经济组织成员可以长期使用宅基地，享有宅基地使用权。宅基地使用权也是在“两权分置”的模式下得以明确。两权模式自1963年中共中央发布的《关于各地对社员宅基地问题作一些补充规定的通知》初步确立一直沿用至今，虽然中途对具体内容进行了完善，但整体权利配置模式一直没有发生改变。这种模式下的宅基地使用权制度是无期限使用并且福利取得但具有身份限制的特殊用益物权，宅基地使用权没有期限的限制，也即在漫长的岁月中，宅基地使用权人可以一直使用宅基地，宅基地使用权在实际使用的过程超越了其他用益物权，拥有了“类所有权”的特征，正因如此为了避免集体享有的宅基地所有权被架空，宅基地使用权在现有制度下具有限制流转的特征。根据《土地管理法》第六十二条的规定，国家虽然没有明令禁止农民“出卖、出租、赠与”农房，但是根据该条建立起的“一户一宅”原则，村民不得再次申请宅基地。真正禁止宅基地使用权流转的是第六十三：“农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设”，此条是法律禁止宅基地使用权流转的依据。同时根据《土地管理法》第九条规定，农村宅基地所有权和使用权归农村集体经济组织所有。即作为宅基地使用权的主体只能是农村集体经济组织的成员，村民宅基地使用权只能在本集体经济组织内部流转。民法典第三百九十九条延续了《物权法》与《担保法》中禁止宅基地使用权抵押的规定，不允许宅基地使用权承担因债权人实现抵押而向非本集体经济组织成员流转的风险。除了法律规定，国务院还发布了一系列的文件禁止城镇居民购买农房。2004年国务院《关于深化改革严格土地管理的决定》中强调：“加强农村宅基地管理，严禁城镇居民在农村购买宅基地。”2007年国务院办公厅《关于严格执行有关农村集体建设用地法律和政策的通知》规定:“农村住宅用地只能分配给本村村民，城镇居民不得到农村购买宅基地、农民住宅或小产权房”。单位和个人不得非法租用、占用农民集体所有的土地搞房地产开发。”这些政策都严格限制宅基地使用权及农房向城镇居民流转。虽然这些政策出台之初是禁止炒买炒卖农村住房，严格控制建设用地增量，防止农村土地资源向城镇流失，其本质依然是为了保障农民居住，充分发挥两权模式下宅基地使用的保障功能。受传统的城乡二元分割体制及国家财力的制约，这一制度在保障农民的基本生活和维持农村社会稳定等方面都曾有不可替代的地位和作用。
随着城乡一体化建设的发展，宅基地之于农民的功能发生了变化。大量农民进城务工导致农村常住人口减少，宅基地对于农民的居住保障功能逐渐脱离现实，因此实践中出现了农村宅基地大量闲置、农房隐形交易等问题。2013 年的统计数据显示，我国农村宅基地闲置的比例高达 10% － 20% ，部分地区闲置率甚至高达 30% 。大量现有宅基地闲置造成本已十分稀缺的土地资源浪费，宅基地使用权入市具有现实的紧迫性。大量隐形交易的存在也是现有制度对市场规范失灵的体现。2006年中国土地勘测规划院地政研究中心的工作人员对北京市朝阳、大兴、昌平和怀柔四个区县进行调研，调查发现各地村镇宅基地交易比例普遍高于20％，最高达43.78％;潜在交易比例普遍高于30％，最高达62.79％。就算有国务院的禁令与合同无效的判决案例，隐形交易依然屡禁不止。一方面法律上不得承认农房受让人的“所有权”，另一方面也不能鼓励农户自行毁约，这样有违市场交易的诚实信用原则，法院面对这样的纠纷也往往陷入价值判断的两难问题。宅基地大量闲置、农房隐形交易等问题对现有宅基地制度提出了挑战，我们不得不重新审视现有制度对宅基地使用权保障功能的过分强调是否还有必要。