虽然各国在转基因技术安全性评价及监管体系上都遵照CAC的相关规定，但在实际法规与执行上仍存在明显不同，以下将分析美国、欧盟、日本与我国的差异：
(1).美国
美国的对于转基因的监管单位主要由美国联邦农业部（United States Department of Agriculture, USDA）、食品与药物管理局（Food and Drug Administration, FDA）和环境保护局（United States Environmental Protection Agency, EPA）等三个部门负责，三个单各自管理的内容都有所不同，相互分工合作透过缜密的监管体系来避免转基因技术的潜在风险发生。
美国是转基因技术的研发和应用大国，对于转基因产品的监管态度相较其他地区比较宽容。如前所述，美国遵循实质等同原则，只要转基因产品与非转产品在科学认定基础下，并无差异，即可认定转基因产品与非转基因产品一样安全。所以美国在转基因产品的安全审批程序与安全证书的发放过程中，监管单位并不会主动发起安全风险评估，而是由申请者（指转基因产品的生产者和经营者）按照“自愿咨询程序”自行担负转基因产品的安全评估责任。
(2).欧盟
欧盟的监管单位主要是以成员国主管当局、欧盟食品管理局（European Food Safety Authority, EFSA）、欧盟委员会等三个单位构成，但是因为欧盟是由各个成员国所组成，组织情况较为复杂，因此，转基因产品的安全评价需要经过成员国和欧盟两个层面才可以通过。在审查安全性评估过程中相对美国，受到更多的单位监管约束，对于欲批准上市的转基因产品在审批过程中需要花费较多的时间，由此可看出欧盟对于转基因技术的安全评估与风险管理态度更加严谨。针对欲商业化种植的转基因产品，欧盟必须先对其进行风险评估，根据审查结果才能作出风险管理的决定，并且还要交由欧盟委员会与各个成员国进行协商评估才能决定，整体而言，对转基因产品进行了严格的监管。
(3).日本
日本的监管单位由文部科学省、通产省、农林水产省、厚生劳动省等共同负责。与美国相同，日本也奉行实质等同原则，日本是由“厚生劳动省”行政单位来统一标准并制定“安全健康评估”指标，将转基因产品与非转基因产品进行对比分析，研究重点聚焦于转基因产品透过人为技术下，利用DNA重组和转化等技术时，产品所发生的全部变化和附加性质变化，也包含了发生变化的可能性预估，为的就是防范转基因商业化产品对人体、动物或者环境产生危险性影响。
(4).中国
我国的转基因作物安全评价与监管单位为农业部与国家农业转基因生物安全委员会，国家农业转基因生物安全委员会由从事农业转基因生物研究、生产、加工、检验检疫、卫生、环境保护等方面的专家组成，负责转基因生物的安全评价工作。转基因作物安全评价指标内容包含转基因生物分子特征、环境安全和食用安全等方面。在中国，要商业化量产转基因产品必须先经过安全评估和行政审批两个阶段，才能取得转基因生物安全证书，安全评估主要集中于生态环境与食用安全性评价。