在《丁庄梦》中，“热病”（艾滋病）爆发所造成的边缘化具有双重隐喻意味，其一是在丁庄村内部构成病人与非病人之间的界限；二是丁庄村作为贫苦落后村庄被繁华的东京城等市镇所抛弃放逐，体现了中国穷困乡村小镇在现代化文明进程中艰难挣扎的发展困境。

1、丁庄村内部的阵营划分
虽然文中写道主人公的爷爷丁水阳“明白的第五个事，是原来热病都是外国人的病，城里人的病，心行不正的人才肯有的病，现在中国也有了，乡下也有了，有病的都还是正派人。”但是显然，村里的人并不认为有病的是正派人。不论是连手都不让二叔拉的二婶，还是得知玲玲有热病便一耳光打肿脸把她轰到学校（热病病人聚集区）的丁小明，虽然有惧怕被传染的因素在，但也都是对热病病人的鄙夷与轻视。
颇具讽刺意味的是，在当初卖血热潮席卷时，坚持不卖血甚至因此被撤职的老村长丁三仁，因为不肯卖血而被自己的老婆骂作不算男人，这表明了不卖血在当时是一种懦弱的象征；而当热病爆发时，那些因卖血而染病的人与未卖血者的身份地位顿时发生了翻转，未得病成为了“正常人”的一种身份象征，使他们可以站在制高点随意对患病者进行评头论足，“健康成了德行的证明，正如疾病成了堕落的证据”。所以即使患了病仍不忘“人得有个好名声”（p60）的玲玲，会在回丁庄取自己的衣裳时，被自己的婆婆紧盯着问“玲玲，你的包袱里没拿别人的衣裳吧？”（p164），这是一种对热病病人本能的不信任，患热病被视作是道德败坏、不洁的标志，似乎感染热病是卖血者“罪有应得”的。
2、困于苦海的“愚人船”：被“放逐”的丁庄
福柯在《疯癫与文明》的第一章中介绍了“愚人船”（Narrenschiff）这一语词的历史缘起与文学意蕴，在历史上，“愚人船”是一种将疯人驱逐出城镇的引渡手段，而在神话主题中，“这些船载着理想中的英雄、道德的楷模、社会的典范，开始伟大的象征性航行。透过航行，船上的人即使没有获得财富，至少也会成为命运或真理的化身。”
同样是被放逐的病人，相比于西方传统中的神性色彩，阎连科笔下的丁庄则更像是一个纯粹的“愚人”船，被灯红酒绿的东京城等市镇所抛弃。在这个层面上，丁庄这个贫穷落后的乡村整体成为了相对于繁华东京城而言的“艾滋病人”，“艾滋病”在小说中不仅是造成丁庄内部进行阵营划分与矛盾冲突的情节条件，也在一种更复杂的层面上成为中国底层穷苦人民被快速的经济力量横扫而过的副产品，暗含了乡村在现代化经济发展洪流中的艰难处境。虽然是中国首部关于艾滋病题材的长篇小说，但阎连科自己也说：“我希望读到这个小说的人，把它当做一部小说来看，不要把它当做某一种题材的东西来看……你要把它当做艾滋病的小说，其实局限了它的意义，这个小说其实它远远超出了这个东西。”《丁庄梦》写艾滋病，但它的意义却不限于艾滋病，而是以艾滋为隐喻，体现了作者从底层人民角度出发对中国现代发展历程的反思。
桑塔格说：“现代疾病隐喻使一个健全社会的理想变得明确，它被类比为身体健康，该理想经常具有反政治的色彩，但同时又是对一种新的政治秩序的呼吁。”《丁庄梦》中的艾滋病隐喻既包含了阎连科对中国底层人民苦难感同身受的同情，也是一种他对理想社会追寻与渴求的表达。吊诡的是，这本饱含深情的书最终因为却“夸大了艾滋病在中国农村的严重程度”而惨遭仅出版三天就被封禁的命运，尽管阎连科自述“事实上《丁庄梦》出于出版的考虑我是妥协了的，撤退了的，我写了一些相对温和、温柔、美好的东西”。