我国各行各业随着产学研发展，出现了多种合作运行模式。通常根据主体地位的不同，将职教集团视域下产学研协同创新合作划分为政府主导型、高校主导型、科研院所主导型、企业主导型和共建合作型。现代农业职教集团视域下，高职园艺技术专业产学研协同创新合作目的的不同，将协同创新合作模式分为科技人才培养型合作模式、研究型合作模式、生产经营型合作模式、综合性合作模式和虚拟型创新模式五种。
1.人才培养型合作模式
为了适应经济发展的需要，国家鼓励大众创业，万众创新，园艺技术专业协同创新平台重视人才培养合作。人才培养合作模式包括两种，分为两种类型。第一为了做到学以致用，培养应用型人才，适应市场经济和企业发展的需要，高校或科研机构跟企业合作培养人才，主要方式由人才联合培养、人才交流、企业基地实习、社会实践等。考虑到市场经济对人才质量和能力的要求，合作培养人才模式应该将培养学生和科研人员的实际能力培养与教学人才培养方案有效结合，这样即能很好的对接企业，而且还能贴近市场。这样可以提高培养人才能力。第二，企业委托科研机构或高校培养企业人员，有短期专项培训，也有企业委托培养教育的方式，提高企业人员科研能力和专业技能。
2.科技研究型合作模式
科技研究型是指由于园艺专业企业在发展的过程中，发现了生产中一些问题，难解决的技术难点，要求从事相关领域科研院所、高校从事相关领域的研究。然后企业与科研院所或高校双方建立合作，签订合作协议，企业要求研究方在限定的时间内完成符合要求的科研或技术成果。这也是园艺专业目前最常用的产学研协同创新最常用的合作模式。企业为研究方提供材料、物质、资金等方面的资源，高校或科研院校利用科研研究能力、手段、团队或仪器设备等优势，共同解决园艺技术生产和技术方面的难题，达到预期的科研目标和成果。科技研究型合作模式主要有两种类型：第一委托研究型。也可称为技术外包型，企业委托科研机构或高校完成整个科技研究任务，企业不投入人员到科研团队中，企业只为研究方提供材料、物质、资金等方面的资源，并提出需要达到的研究成果和技术解决难题，等待最后验收研究成果即可。第二合作研发型。企业为了企业长远发展，成立自己科研团队，建立科研部门，但是独立完成研究有点困难，与科研院所和高校一起组建研究团队，一起进行科研研究，并共建科研实验研究基地，不仅提高企业自身科研能力，而且促进企业长远发展，在科研中占据主动权。
3.生产经营型合作模式
在国家政策的支持下，支持生产经营合作模式，生产经营型合作模式是科研院所、高校和企业等本着诚实守信的原则，在合作共建，互利互惠的基础上，科研院所、高校和企业共同参与合作研发、一起经营实体并共同管理运作的一种新的经济合作形式。校研企科研研发-生产经营-市场转化三维一体化合作模式，不仅合作而且入股，建立经营实体，科研院所、高校科研方面的研究成果技术入股，与企业建立合作联盟，既拥有了科研院所、高校的研发实力，有发挥了企业的市场推广和分析能力，形成优势互补，资源共享模式，是一种合作共赢，最为紧密的合作关系。
4.综合合作型模式
综合性合作模式是上面所列的科技研究型合作、人才培养型合作、生产经营型合作等多种同时综合合作，这种合作模式更加复杂，利益分配关系也更加多样，随之而来的管理难度更大，潜在的风险也更多。由于合作模式更加复杂和多样特点，所以选择合适的校研企合作伙伴尤为重要。只有做好综合合作，才能促进产学研的发展，促进园艺专业行业的健康发展。
5.虚拟型创新模式
随着互联网技术的发展，各个行业出现了很多需要解决问题，园艺行业也不例外。例如：在互联网视域下，园艺行业出现了需要解决创新资源的整合问题，利用信息技术和网络技术大量收集信息资源和利用资源。这些资源主要包括园艺行业政策资源、技术资源、人才资源、市场资源、资金资源、管理资源、服务资源等信息资源，收集信息资源之后进行整合。这些收集的资源主要特点是创新的知识，有专利、案例、科学原理、文献等。于是提出虚拟型创新模式，虚拟型创新模式就是把网络收集的资源，通过云平台收集在一起，形成不同区域创新资源生态服务系统的资源集；对有资质、有能力和需要新产品和工艺开发的企业、科研机构和高校，根据需要研究内容和目标，在网络的环境下，展开协同创新资源整合活动，并对资源加以有效和充分利用。