我国独特的城乡二元结构不仅造成了城乡之间社会经济发展的差异，同时也导致城乡治理之间的差别。改革开放尤其是进入新时代以来，城市社区治理方式不断改进，已经形成了一些有效的经验、模式。但是我国农村基层社区仍然保留着“乡土性”，存在着一些不可忽视的问题。
1、治理主体单一
社区治理或基层治理社会化强调多元社会性要素的互动、协同过程。我国农村基层治理具有很大的排他性。改革开放以来，各种力量不断冲击着传统的农村社会格局，社会结构发生了剧烈的转型和分化，但是基层治理却一直难以被渗透。治理主体单一，以政府行政主导为主，居民和社会力量参与不足，农村村委会成为基层治理的主要平台。
在实际的基层治理中，政府和当地村委会大包大揽，以行政命令方式对基层社会进行管理，这种工作模式导致基层居民和社会组织无法参与这一治理过程，治理主体确缺失。其次，乡村人口空心化和乡村社会边缘化使得乡村治理所需的人力资源极度匮乏。大量人口外迁至城镇，留下的大多是老人、儿童、妇女等弱势群体。这一群体参与社会治理的积极性不高，能力有限。同时，乡村文化易受外来文化的侵袭，大量不良风气流入，村民缺乏辨识能力，拜金主义、奢靡之风、攀比之风盛行，这也降低了基层自治的水平。在多元互动、协同共治中，任何一方的缺失都会导致基层治理的混乱。
2、治理内容繁杂
治理主体单一、村民自治缺失，面对大大小小的基层事务必将导致治理内容的繁杂。新时代以来，国家大力开发农村地区，大量的资金、人员流入，让乡村原本单一的利益主体变得复杂多样，社会流动也由传统的静态“内循环”转为动态“外循环”。乡村振兴战略实施以后，这种现象将会更加突出和普遍，社会治理问题更加复杂。
乡村是国家的血脉，我国基层行政组织，面对的是与人民群众日常生活息息相关的方方面面，既要总体上保持乡村的繁荣发展，又要深入内部，化解纠纷，维持稳定。与城市社区治理相比，当前乡村治理行政化现象明显，社会力量尚未完全发育，村民“主人翁”意识淡泊，村干部成为乡村治理的“第一人”。他们一方面要化身调解员，处理村民内部之间的矛盾，涉及经济、情感、财产之间的纠纷，；另一方面还要面对上级行政部门下发的各种命令。乡村振兴不仅仅是要丰富人民的“钱袋子”，更是要全方位提升乡村发展质量，实现乡村产业振兴、人才振兴、文化振兴、生态振兴、组织振兴。如何全面推进乡村振兴，这是当下乡村治理需要思考和处理的内容。
3、治理理念落后
在中国的传统中，维护公共秩序、促进公共利益从来都是依靠政府的权力和社会习俗来完成的，从来都是自上而下的、由单一权威主体主导的管理过程。实际从事治理工作的大多是基层村干部，他们往往拥有多重身份，既是村委会干部，又是乡村德治中的乡贤主体。治理主体的双重身份让基层治理变成了行政上的管理，协商、民主价值理念缺失。
传统乡村社会治理较多依赖乡贤、乡绅，这种治理方式具有较大的随意性，是一种精英治理，并非真正的自治。这种治理模式的标准大多遵循公序良俗，以乡贤的个人道德标准约束集体行为，缺少法治理念，与当前法治社会建设的思路有所出入，乡村法治体系建设相对落后。受社会风气影响，道德标准往往还不稳定，在奢靡、攀比之风盛行的当下，难免会被拉低，降低社会治理水平。其次，村委会并非行政系统，而是居民自治组织。然而实际情况是，村委会行政色彩明显，工作也是政府行政导向型而非居民需求导向型，极易形成工作定式，在乡村建设中将治理变成管理，以一言堂代替协商，以稳定代替和谐。这两种建设方式的共同点都是村民主体参与性不足，公共意识偏弱。参与、协商、民主等价值理念的流失。这种传统思维方式和价值理念已经跟不上时代发展的需要。