（一）政府角度
1.监管俘获
由Stigler和Peltzman提出的“监管俘获”是指监管者为了自己的私利可能会与被监管者合谋，而一旦“俘获”监管者所获得的收益高于成本，那么被监管者则会想方设法“俘获”监管者。在类似新型冠状病毒肺炎疫情这类突发公共卫生事件中，本该由政府主要承担治理方向，而事实却是各地的健康码由以阿里巴巴和腾讯为代表的互联网龙头企业承担，如山东省、浙江省、四川省等的健康码搭载在阿里巴巴旗下的支付宝端口，云南省、贵州省、上海市等借助的是腾讯的微信端口。全国各地多数健康码系统是搭载在支付宝或微信端口的，而健康码的搭载平台端可以掌握民众的身份信息、通讯信息、出行轨迹及感染状况等，在当今信息技术时代，信息数据即意味着权力。
在疫情突发之际，快速应对新型冠状病毒肺炎疫情，凭借技术优势、用户资源优势与平台优势，政府机关不得不依靠互联网企业。互联网企业获得了健康数据搜集的官方准许权，正式掌握了民众的健康数据，而数据信息在数字时代也就是权力，政府在数字抗疫过程中因此被监管俘获。
2.信息孤岛
健康码在中国现已实现一码通全国，实现省际互认、全国互认的情况。但此前一省一码或一市一码，如江苏省拥有多个类型的健康码，南京的“宁归来”、苏州的“苏城码”、无锡的“锡康码”、南通的“易来通”等。但健康码的省际数据不互通甚至市际数据不互通，市级健康码还可能出现与省级健康码不同颜色的状况，以江苏淮安的“淮上通”和省级的“苏康码”为例，两者在信息指标上的差异达到了近30%[6]。
民众亮出的绿码在本地可顺畅出行，但是跨市、跨省后却不被认可，民众的健康信息的对接成了一大难题，这俨然成为信息孤岛。健康码陷入地方自治的窘境，尚需健康码体制完善后的信息大流通、大融合。
（二）企业角度
1.算法黑箱
算法的“黑箱”首先是健康码的算法系统，健康码申请后民众的信息数据都被储存在了健康码系统后台，为平台所有者所有，无人知晓这些数据信息数据未来会用于哪些 APP，也无人知晓数据会被存储多久，数据的后续走向不具透明性。
其次，平台方也未说明手机号与行动轨迹关联经过了怎样的技术过程？整个过程都变成为“黑箱”。算法使用的模糊化会让民众产生隐私泄露的焦虑以及对算法使用的犹豫。
另外还需考虑算法平台的权力边界问题，互联网企业助力政府机关搭建了健康码系统，但在两者协同治理的过程中，互联网企业的权力边界在何方，拥有了多少信息数据，拥有多大程度使用信息数据的权力以及治理信息数据的权力，这些问题仍处于不透明地带。
（三）用户角度
1.数据隐私
据某研究机构对微信平台14个省市的16款健康码小程序进行的调查，一些程序并未设置用户协议和隐私保护协议，而是直接进入了信息填报页面。这些程序的开发者在未经用户授意情况下获取了信息数据，而健康码是时间、空间、人际关系、感染状况等四个维度的融合，也就意味着用户在这四个维度上的数据隐私已被暴露，数据拥有者是否会主动保护用户的数据隐私。
当确诊新型冠状病毒感染者后，政府将通过大众媒体告知该感染者性别、年龄、工作地、居住地、行动时间线及轨迹等，随后将检测相关历史密切接触者的感染情况。政府将感染者的数据信息告知大众意在提醒民众进行自我排查，如有（疑似）接触史则需及时进行核酸检测。但例如工作地、居住地的信息也透露了该感染者的社会阶层，密切接触者的信息透露了该感染者的社交圈层，历史行动轨迹透露了该感染者诸如喜好等的可能性。大数据时代，这些信息被暴露在阳光之下，无所谓真正的隐私。