从第一个高校社科联成立至今，已有近三十年，在这三十年里虽然我国的高校社科联发展的总体趋势比较好，也取得了一些成果，但是在发展过程中仍然会面临许多问题。
（一）缺乏工作人员
距第一个高校社科联成立已有三十年，在这三十年间虽然其已经总结出了一套发展理论，但是在其实际的工作中，人力资源严重缺乏，现有的高校社科联大多数没有专门从事该工作的人员，而且其工作人员大多数没有编制，从而导致无人愿意从事该工作。工作人员的缺乏将导致很多工作不能很好地进行，同时限制高校社科联在很多方面的发展，导致高校社科联脱离学校的科研管理体系，不能充分发挥作用[9]。
（二）缺乏活动资金
高校社科联的经费向来比较紧张，其举办活动经费基本由学校拨款，若其举办一些重大的专项活动和科研课题，市财政也会给予一定的经费资助，但是如果没有，社科联就会失去这项资金来源。所以可以发现高校社科联的资金来源得不到保障，这将会导致活动不能正常举行，严重困扰着其发展。而且高校社科联的经费基本上一直处于紧缺状态，甚至有的高校社科联根本就没有经费，这就会导致他们不能举办活动，或者只能举办一些水平较低的活动。
（三）缺乏健全的组织机构
目前，在我国有很多高校社科联的组织机构既不健全，也不规范，导致其工作不能正常运转或者在运转时会出现诸多问题。组织机构不健全导致高校的科学研究成果不集中，得不到充分的利用。除此之外，高校社科联组织机构不完整，内部有断层，也会使得社科联在工作的时候极不顺畅。比如高校社科联不设立下属机构，将导致其开展活动时，没有下属的工作人员去筹备活动，以及遇到各项问题需要解决时，也没有相应的工作人员出面解决，而是必须由其领导人员直接面对各项工作，在一定程度上加大了他们的工作量以及工作难度。
（四）管理模式缺陷
目前，大多数高校社科联的管理方式都比较被动，在现阶段高校社科联的工作大多是向上申报一些课题或者获得的优秀成果，以及监督校内各开展的各项工作等，然而高校社科联作为学校联系全校社科工作者的沟通者以及学校内等各科组织的组织管理和协调服务机构，这仅仅只是高校社科联工作中的一部分。然而长期以来，高校社科联缺乏一套与高校管理体制有机结合的完整的学术管理机制，使得其学术管理未能成为高校现有学科专业学术管理的有效补充。拥有一套完善的、科学的管理机制可以使工作能够更加顺畅。