于怀岸的《巫师简史》借鉴了马尔克斯魔幻现实主义的写作风格，同时融合了湘西原始的神巫文化，在小说情节上构建了波谲云诡的神巫叙事。所谓神巫，包含神（神话）和巫（巫术）两大内核。如果说“神”这一内核提供给人类的是精神上的超越与抚慰，那么“巫”则指向更为实利性的生活与欲望。如弗雷泽所说:“巫术的本质是一种伪科学，一种没有任何效果的技艺。它是一种对自然法则体系歪曲的认识。”然而这种文化在湘西存在了几千年，构成了湘西民间生活的重要内容。
在《巫术简史》中，神巫文化之“神”主要体现在神秘性和预言性。于怀岸通过一系列离奇的情节来表现神巫文化的神秘性。巫师赵天国在接过法器时从神水里看到了他一生的结局。他以为自己会在三十六岁死去，因为赵氏家族的历代巫师都没活过三十六岁。他们或死于巫术，或死于意外。老族长赵日升在三十六岁时于睡梦中被从天而降的巨石碾成肉饼；赵日升死后，他的鼾声连续七天七夜回响在猫庄的各个角落。赵天国的父亲在三十六岁时被一支毒箭射中，倒地身亡。当这些巧合发生时，猫庄人不得不相信那个关于巫师的三十六岁的古老预言。作为猫庄人信仰的巫师本身也活在一种无法改变的神秘宿命之中。于是，整个猫庄的人都被这种强大的宿命感所笼罩。猫庄人在遇到大事前都会征询巫师的意见。赵天国得到了一旨神谕：从城里回来的赵天文将是猫庄最大的祸害。随着故事的展开，赵天国的预言成真了。赵天文果真给猫庄带来了无穷的灾祸。在赵天国找雷老二为自己合一副棺木时，雷老二预言这副棺木是为赵家的另一个人准备的。二十年后，雷老二的预言也成真了，这副棺木被赵天国的儿子赵长春睡了。在传统历史题材的小说中，民间的鬼神故事常常被当作封建迷信加以批判，而于怀岸则规避了对鬼神故事本身的评判，又“并不是把它们当作封建迷信来宣扬，而是试图表现湘西特有的神巫文化，展现湘西遗留至今的原始巫风。”值得注意的是，通过对神巫文化的神秘性、预言性的描述，为小说中的历史营造了一种虚无缥缈的氛围，展现了历史偶然性的作用。这既与湘西地方的民俗风情相契合，又明显地呼应了20世纪80年代中后期以来的新历史主义创作倾向。
神巫文化的“巫”主要体现为“巫蛊”之术。湘西民间一直流传着一些诡秘的传说。如传言有一些人能使巫蛊之术，使人的尸体直立行走，将死在外面的人“带”回故乡。小说中的雷老二就是拥有这种巫蛊术的人。雷老二在赵天国的请托下将抗日殉国的赵长春和赵大牛的尸体运回猫庄。锣鼓一敲，尸体就站了起来。尸身跟着锣鼓声前进，一直到猫庄才倒下。又如落花洞女的故事。传说如果一些女子在适婚的年龄没有找到对象，就会慢慢地进入一种痴迷的状态。她们整天神采奕奕，面若桃花，还会不停地打扫屋子，把家里收拾得干干净净。按照当地的说法，这种女孩是被神选中了。当神到来的那天，女孩就会死去。小说里，长春媳妇彭武芬入住赵天国家后就像变了个人，一天到晚总有用不完的精力。之后，她又仿佛一个十七八岁的妙龄女郎，浑身散发着青春活力和朝气。然而这并不是什么好兆头，和落花洞女的传说一样，彭武芬最终变成一个七八岁的女娃娃，不久便在阁楼上死去了。于怀岸把传说故事引入小说，使得湘西特有的民俗文化和猫庄人的日常生活相杂糅，既增加了小说的传奇性，又增加了小说的真实性。
巫术和巫师早已成为历史的记忆，但巫气依然云绕在湘西的山水之间。于怀岸通过波谲云诡的神巫叙事，揭开了湘西文化的神秘面纱，展现了蕴藏于湘西的神秘巫风。可以说，巫蛊叙事模糊了小说中艺术真实与历史真实之间的界限，由此展现了湘西民间风俗的独特魅力。