1 实验室格局不合理有效使用面积不足
近年来，随着国家及地方加大了对科研硬件设施的投入力度，农业科研单位实验仪器也得到了更新换代，实验室堆放的各种仪器以及药品逐日增多，由于之前传统的实验室面积有限另外存在规划格局上面的不合理，造成了实验室购置的新型科研仪器存放的不合理，实验人员可以利用的试验操作空间狭小，部分仪器堆放在实验室走廊里有的甚至影响了消防安全通道的畅行，给本身通风散热条件不好的实验室增加了安全隐患，在热量密集驱动下，容易引发安全事故[2]。
2 新入职的员工缺乏有效监督
最近几年来，随着国家对农业科研经费的不断投入，许多农业科研院所都在积极的壮大自己的科研团队，造成了具有经验丰富的实验人员严重缺乏的现象，个别实验室新入职的员工仅仅通过简单的培训就上岗开展实验工作，这类实验人员对实验流程不太熟练，而往往又对这类人员缺乏有效的监督，使得他们出现错误的可能性远远超过成熟员工。因此，使用经验不足而又缺少监督的新入的职员工，潜在风险较大。因此，要按照实验室资质认定评审准则的要求，对使用在培人员应有足够的监督。实验室在使用新上岗人员或转岗人员时，除应考核上岗外，实验时实验室监督员应加强监督，防止出现重大失误。
3 仪器超负荷运行增加了实验室的安全隐患
农业科研由于实验的特殊性，实验室内摆放最多的就是小型人工气候箱、超低温冰箱、干燥箱、超声波清洗仪等高压设备，而这些设备体积较大，占地面积多，而且属于公共使用仪器设备，往往都集中存放在一个固定的实验室中。根据实验课题组实验的安排而轮流使用。同时，类似于超低温冰箱和小型人工气候箱这类仪器，由于对实验材料的处理的特殊要求，需要24 h处于开机状态。造成的结果就是此类仪器设备的常年处于高负荷的运作状态机器内部的线路老化，甚至有的仪器用于散热通风孔堵塞，造成散热效果变差，使得堆放仪器的实验室整体环境温度升高，很容易引发火灾极大的增加了实验室的安全隐患。
4 各类化学药品管理中的问题
化学试剂属于危险性较高的实验用品，有些化学试剂易燃易爆，或具有腐蚀性，或具有毒害性，或者是致癌物质，若发生事故，轻者损伤皮肤，重者烧毁皮肤，损伤眼睛和呼吸道，甚至损伤人的内脏和神经等,化学品安全的管理是实验室安全管理中的重中之重，就目前来看，个别实验室化学试剂没有做到专门的责任人保管，定期检查使用和保管情况的实验室安全标准，此外，化学药品的存放也没有采取遵循科学的原则。这些都是各实验室管理人员亟待解决的问题。