一直以来，民族高校积极明确自身办学特色，思想政治教育工作得到切实加强，随着我国社会主要矛盾变化、时代交替更新、海量信息传递和科技进步，民族高校传统思想政治教育模式已经变得不合时宜，无法满足时代要求和学生需求。当前我国民族地区高校思政工作存在以下问题。
1民族高校自身差距与不足
民族高校大多地处我国少数民族聚居地区、边疆地区或政策扶植地区，本身地缘优势就不够明显，在一定程度上制约着新时代下民族高校思政教育与“互联网+”大潮深度融合。
经济发展水平与思政网络平台搭建不对等。多数民族高校所处地区属于经济欠发达地区，地理位置偏远，基础设施更新滞后，因而薄弱的教育根基和狭隘的地域环境在很大程度上制约了自身对思想政治教育工作的落实和完善，缺乏创新性和时效性。地处经济发达地区的高校资源配备完全，甚至资源配置过高造成了资源闲置或浪费。相比之下，民族高校的投入资金还不够与其达到平衡性，自身对公平优质教育资源的需求同教育资源配置不平衡不充分之间的矛盾在民族边疆地区的民族高校中表现的愈发明显。
民族高校思政教育队伍不容乐观。一方面，民族高校所处地区在经济发展水平、地理环境、文化差异、饮食习惯、制度保障等方面与经济发达地区存在差异，多数高校教师到民族高校工作的意愿不强，直接导致民族地区高校思政教育工作人员数量不足、队伍不稳定，与庞大的学生群体规模不匹配。另一方面，体现在思政工作者自身。思政工作者自身素质参差不齐，领会传达党新时代精神的觉悟不同、使用网络新媒体的实际操作专业化程度不一。
民族高校思政工作顶层设计不够优化。近些年来，多数民族院校抓住国家政策红利纷纷结交了对口支援院校，多数民族地区的高校在各个方面学习这些院校的一流经验，并在课堂上引进其教育方法，但在引进过程中，往往容易直接套用却忽略了因地制宜的原则，使自身思政教育缺乏本土特色和民族特点，导致教学理念、课程设置、教学管理等多方面脱离了本校实际情况。
2民族高校大学生面临多样考验
民族高校当地民族文化背景浓厚，有着独特的历史渊源、宗教信仰、风俗习惯，其道德情操、价值判断、价值选择也和当今社会主流意识形态存在差别。民族高校大学生自幼在这里生活成长，接受教育，从小就形成了独具民族色彩的宗教信仰，这种强烈的民族认同感和感情持续影响着其自身的学习和生活，直接导致其对我国社会主义事业的认识不足和对指导思想的认识模糊，加之部分学生对民族政策理解不够深入，在接受思想政治教育时较为消极。