在宗教压迫的背景下讨论人的自由，是马克思在博士论文时期理论的中心。受理性和思辨哲学的影响，马克思此时的对于人的自由的认知仍然停留在精神观念层面，宗教问题是博士时期马克思眼中的最大“现实”。
（一）观念与自由的关系
马克思在其博士论文中通过对比德谟克利特和伊壁鸠鲁自然哲学的一般差别和具体差别，发现了原子的偏斜打破了原子垂直运动的必然，这表明人也能冲破宗教神学的禁锢的自由意志。马克思在对原子论的研究中分析了意识的能动性，并认为意识是为自由而斗争的载体，“那在物质的形态下同抽象的物质作斗争的抽象形式，就是自我意识本身。”诚然这个时期的马克思的理论逻辑总体上还是黑格尔的思辨唯心主义，但其认为，人的本质（自由）的实现是在现实精神斗争中取得的，提出了“世界的哲学化也就是哲学的世界化”，要让世界按照人的观念发生变化，将人的观念对象到世界之上，使得哲学“本来是内在之光的东西，变成转向外部的吞噬一切的火焰”。在这个过程中，“哲学”即是经过现实斗争而取得自由的理论精神，自由的精神力量是实践的手段，在每一次世界哲学化和哲学世界化的实践里，都是人的进步，都是人的自我意识的提升。在马克思的博士论文中，“现实”即社会中压抑人性自由宗教问题，“个人”即精神自由的人，宗教解放就意味着人的解放。虽然此时马克思还处于黑格尔“理性的人”哲学框架之中，但在不久以后与现实的政治问题相碰撞时，他将意识到，仅仅在思想中改变现实社会是行不通的。
（二）现实与自由的关系
在《莱茵报》和《德法年鉴》时期，由于对现实政治和社会问题的密集接触，马克思着重思考什么是现实及社会中的问题究竟该如何解决的问题，开始实现其政治上和哲学上的转变。在《评普鲁士最近的书报检查令》中，马克思认为书报检查令是“虚伪自由主义的手法”，政府表面上不剥夺言论自由，实际上是对真理与自由的扼杀。自由是真理探讨的前提，言论自由是争取自由必要的途径和手段。这样的法律势必在真理问题上，“凡是政府命令的都是真理”；在宗教问题上，用反宗教的观点保护着宗教的原则；在国家问题上，反国家的宗教原则变成了政治原则。在对社会问题的具体分析中，马克思也意识到了社会发展原因不止是人们对“哲学世界化和世界哲学化”那种自由精神的追求，还表现在特权阶级对物质利益的发展。思想自由与现实自由落差悬殊，使得马克思开始质疑起哲学思辨的力量是否能真正的改变现实，从而推动了青年马克思确立社会历史的一般唯物主义前提，哲学唯物主义开始成为其主要逻辑框架。
（三）哲学与现实的关系
对自由、现实、政治、历史的考虑迫使马克思开始思考哲学与现实的关系。政治让哲学从思辨的天国落入现实，哲学和现实是马克思批判武器的一体两面。韩志伟认为，哲学与现实是同一的，是同一世界的不同形式。“你们不使哲学成为现实，就不能够消灭哲学。”“消灭哲学”并不是全面否定了思辨的价值，并不是将精神力量和物质力量割裂开去谈那个纯粹“现实”，而是在确立了物质前提的条件下，将哲学与现实联系起来，共同对现存世界，也就是那个“哲学”和“现实”都同一在内的现实社会斗争。“光是思想力求成为现实是不够的，现实本身应当力求趋向思想。”正是具体的、实存的政治问题，让马克思开始对改变世界的方法重新反思。第二，市民社会决定国家与法，政治国家不过是由个人组成的虚幻的共同体，无产阶级是社会中的绝大部分，因而国家的自由依靠无产阶级的力量，无产阶级的解放是德国哲学的应然要求，如果说哲学与现实是马克思批判的武器，那么无产阶级就是手握武器的物质载体，即批判的主体。无产阶级的存在就是人的全面丧失，只有哲学和无产阶级相结合，才能消灭无产阶级，完成真正人的复归，实现社会制度的解体，即国家自由的实现。
从精神自由到无产阶级的解放，马克思的思想的脉络与现实的宗教、政治问题联系起来，从唯心主义过渡到一般唯物主义。这个巨大转变为历史唯物主义的确立第一次奠定了基础，表明他已经跨过了与自身内在理论逻辑斗争的门槛，完成了对黑格尔的超越，转向费尔巴哈式的人本主义异化史观。