1、成本核算意识不足
新政府会计制度实施之前，高等学校均执行收付实现制的预算会计核算制度，且不同于企业，高校没有利润因素的内在驱动，因此没有形成成本核算意识。在日常管理过程中存在诸多资源浪费的现象，例如水电资源，只是定期核算学校整体的消耗量，并没有明细的数据链接到各部门、各学院，导致单位内部人员节约意识不足。2019年实行财务会计与预算会计并行的新政府会计制度以来，大部分财务人员忙于日常报销业务，双轨并行的实际操作多依赖于信息系统的直接转换，对权责发生制的概念理解还不够透彻，对于成本核算的实行可能还存在抵触心理。
2、成本核算基础不健全
高校成本核算需要以财务会计的数据为依据，通过精确的数据分析，来归集成本对象的资源耗费。目前，财务会计中费用要素已经独立核算业务活动费、行政管理费、经营费用、资产处置费用等8项，业务活动费中明确区分了教育费用和科研费用，为高校成本核算工作提供了分类基础。然而，部分高校资产清查不到位，影响了固定资产和无形资产累计折旧和累计摊销的准确性和完整性；学生教学业务管理和科研管理缺乏全流程资源耗费数据的收集和记录，相关的成本数据覆盖不全面，数据精确度有待考量。在信息系统支持方面，大部分高校还没有专门的成本核算系统，财务内部各模块之间、财务与其他各职能部门之间的信息互联和共享平台还不完善。
3、成本核算要素不明晰
3.1成本核算对象难区分
成本是对象化的资源耗费，而成本核算对象则是费用承担的实体。高校需要根据其职能目标、行业特点，以及不同的成本信息需求等确定成本核算对象。满足内部管理或者绩效自评需求，可以以教学、科研等为核算对象；为满足外部绩效评价，则需要以单位整体或者政策项目为核算对象。确定成本核算对象是开展成本核算的第一步，具有一定的复杂性，由于高校成本核算经验不足，如何多维度、多层次地设置成本核算对象还需要进一步调研研究。
3.2费用分配方法难操作
高校所发生的费用，按照计入成本核算对象方式的不同，分为直接费用和间接费用。高校的性质决定了其间接费用多且复杂，需要遵循因果关系和受益原则进行追溯和分配。在间接费用比重较大且具有多样性的情况下，相对适用作业成本法，能够使成本信息趋于真实。因此，高校可以运用作业成本法核算。
以教育成本核算为例，需要归集与教育活动相关的费用。首先根据产品消耗作业的原则，确定作业中心，大致可划分为三大类：能源作业中心（教学材料领用、水电消耗）、管理作业中心（教务管理、学生管理、人事管理）、资产作业中心(多媒体、教室、图书馆)。二是确定作业中心耗费的各种资源，包括人员、商品和服务以及资本性支出的分摊等。三是确定资源动因，人员费用动因为教学耗费的时间，商品和服务费用动因为商品和服务使用的数量和次数，资本性支出的分摊按照使用时间来确定。最后，根据教学活动中使用的数量、时间、次数等确定作业动因，将作业中心成本按作业动因分配到成本核算对象，以此计算出教育总成本和生均教育成本。