学分制的推行是一项系统而又复杂的工程，涉及学校办学的各个环节，是学校全方位的改革，对学校办学资源和制度配套的要求较高，因此，中医药高校在探索实施学分制过程中必然会遇到一些共性的突出问题。
（一）高校缺乏办学自主权，面临行政管理配套制度的难题
学分制推行的配套制度没有到位，如云南省，学生即使修满学分申请提前毕业还需上级管理部门审核通过，目前还没有这方面的政策依据；学生修满学分即可申请毕业，就业派遣方式要由目前的学年或学期更换为全年任意时间派遣；学校财政收入与学费政策也缺乏相应的法律依据。
（二）受限于学科专业特点，强制性的行政命令普遍化
1.师资队伍很难实现优胜劣汰
《关于加快中医药特色发展的若干政策措施》提出要“提高中医药教育整体水平，坚持发展中医药师承教育”，对中医药高校师资队伍的质量提出了高要求。以云南中医药大学为例，近年来，多措并举不断加大人才强校战略实施力度，虽取得一定成绩，但中医药师资依然缺乏并缺少“大师”。由于中医药人才培养周期长、培养成本高，全国中医药高等教育师资队伍的数量和质量都存在很大缺口，导致学生在选择教师时，没有太多的选择余地，无法形成对老师优胜劣汰的倒逼机制。
2.课程特性导致选课基本遵从教学计划
中医药知识的学习有其特殊性，特别是中医思维和辩证思维的培养，对中医药类课程的设置有严格要求，中医药类专业课程设置具有明显先行后续的特点。特别是目前要培养具有综合素质的中西医结合人才，要“建立以中医药课程为主线、先中后西的中医药类专业课程体系”等，这就导致学科特点很大程度上限制了学生的选课自由度。因此，即使推行学分制，中医药类专业学生也基本是按照学校的教学计划来选学课程。
3.培养过程的特殊性导致弹性学制形同虚设
中医药是实践性很强的学科，也是中医药人才培养的关键环节，因此，中医药类高校普遍采用了“早临床、多临床、反复临床”或者“早实践、多实践、反复实践”的培养途径，在各学期阶段都计划性的设置了临床见习、跟师学习、毕业实习等实践环节。在《关于加快中医药特色发展的若干政策措施》中也明确提出要坚持发展中医药师承教育，积极发挥师承模式的优势，强调将师承教育贯穿临床实践教学全过程。如果学分制下任意时间安排大量学生的实践教学，所需要的人力、物力和财力都是学校和实践教学基地很难承受的压力，因此，实践教学的安排也基本是以计划为主。学分制下的弹性学制，提前或延后的毕业生实际上少之又少，从而导致应该进行自由选择的事项变成了计划性甚至是强制性的指令。