高水平高职学校基本都建立了较为完善的内部治理体系，但在内部治理能力现代化方面还存在若干共性问题。
（一）党政权力界定不清。2014年10月，中共中央办公厅印发《关于坚持和完善普通高等学校党委领导下的校长负责制的实施意见》，旨在进一步理顺党政内部职权。但高职学校的党委、行政两套管理体系在管理各项事务时，职权界限还无法分得很清楚，有时会出现任务重叠、多头决策现象，学校的工作推进、治理效能受到制约。
（二）治理主体相对单一。受传统行政管理体制影响，多数高职学校仍处于高度行政化管理，名义上政治权、行政权、学术权、民主权等多种权力并存，权力对应的实施主体也不一致，实际上内部权力基本集中于校级主要领导和重要综合职能部门，集决策、计划、考核、监督、评价职能于一身，既当运动员，也当裁判员，还是监督员，直接剥夺了学校教师和学生的话语权。本应是学校内部管理主体的二级院系，无法掌握内部重大事务的决策权，自主管理的权限十分有限，基本处于从属地位。
（三）法治能力有所欠缺。法治能力是评价治理能力现代化的核心指标，贯穿于依法治校、依法治教全过程。如广西在2019年自治区依法治校示范校评选中，仅有5所自治区高水平高职学校被认定为依法治校示范校，2所被认定为依法治校达标校，表明高水平高职学校依法治校工作仍需进一步加强，以法治思维为基础、运用法治方式认识、处理、决策相关事务的能力仍需进一步提高。
（四）多元育人力度不足。在推进学校治理体系和治理能力现代化过程中，需要构建多方协同育人的新格局，方能办好高水平有特色的高职教育。高职院校在推进多方协同育人方面力度不够大、程度不够深，主要体现在：群团组织参与民主管理、监督的渠道还不够畅通，师生员工知情权、监督权和参与决策权发挥不够充分；学院理事会（董事会）咨询、协商、审议和监督职能尚未完全履行到位；行业、企业参与办学和人才培养程度不深，产教融合度不够高等方面。