（一）农村寄宿制学生心理健康问题
公益组织歌路营 2014 年的《中国农村住校生调查报告》显示，农村寄宿学生中有近 60%是留守儿童，有 47.3%的孩子常有负面情绪困扰；63.8%的孩子有孤独感，寄宿学生的心理健康状况堪忧。农村地区的学生到了可以读寄宿的年纪，家长就会外出，学生便成了留守寄宿学生，留守寄宿学生的大部分时间都是在学校度过的，放假之后就和祖父母生活在一起，父母对其生活和学习参与得很少，农村寄宿制学生大都面临着孤独，不安，厌学等情绪。农村寄宿制学校较少配有心理健康教师和生活教师，任课教师由于专业性原因和时间问题很难对农村寄宿制学生给予心理上的疏导。因此辍学，打架斗殴，逃课等不良行为在农村寄宿制学生群体非常常见，农村寄宿制学生的心理健康问题长期得不到解决，对学生的全面发展会产生很大的影响，同时也加大了学校的管理难度，影响学校的整体发展。
（二）基础设施配备不齐全
由于父母不在身边，绝大多数儿童有寄宿需求，但是，已有学校难以满足农村“留守儿童需求”尤其是生活用房和设施方面不够齐全，“留守儿童”住不了，住不好的问题非常突出。农村寄宿制学校缺乏运动设施，图书馆，多媒体等设施，不仅如此，农村寄宿制学校基本的生活学习设施都勉强维持，有些学校的教学楼大部分是翻修过的旧楼，宿舍是20个人一间的大宿舍。由于国家对基础教育的投资主要集中在城镇地区，农村寄宿制学校没有充足的资金来源，基础设施建设仍然停滞不前。农村寄宿制学校对资金的利用效率低，没有将资金用于学生更为需要的基础设施上。大部分农村寄宿制学生的生活极为单调，他们没有读书，运动的习惯，农村寄宿制学校无法给予他们良好的学习环境和生活环境，农村寄宿制学校的办学质量普遍偏低。
（三）师资缺乏，缺乏专业型教师
农村寄宿制学校教师大多是无编制的代课教师和实习教师，受到农村寄宿制学校条件差的影响，在校的教师留不住，向城镇地区流动的趋势明显，外面的教师也很难注入，在校的很多教师大都没有接受过正规师范教育和系统的培训。农村寄宿制学校教师不仅从数量上无法给予保证，教师的专业性上也无法给予支持。农村寄宿制学校师资缺乏还集中体现在学校音体美教师的缺乏，尤其是心理健康教师和生活教师的缺乏，音体美教师大都由其他科任教师兼任，心理健康老师的工作大都由班主任代理。农村寄宿制学校相较于其他学校，增加了对学生衣食住行的生活管理功能，而传统的学校教师编制中并没有对应的生活教师编制。生活教师大都聘请的是学校教师的亲属或者其他需要工作的社会人士。无论小学或初中，生活指导教师的数量都远远低于编制规定的人数。师资的缺乏，农村寄宿制学生的学习和生活的质量从根本上无法给予保障。