高校辅导员作为处理校园突发事件的关键一环，需要具有相关知识与能力，并构建一套能够有效应对的危机管理机制，做到有备无患、妥善解决，但具体的推进过程中仍有诸多困境。
(一)高校突发事件危机管理机制不健全
首先，高校工作协调机制多是分离式的，这种条线不集中的运行机制会大大影响危机管理缩减期的工作。目前高校内部工作机制行政化严重，各部门“各自为政“分割明显，缺少专门的应急协调部门或是工作组，出现学生工作处包揽全活的现象，无法构建形成能够良性互动、沟通有无的应急协调机制。诸多实际案例的出现也可以发现，高校往往在发生在发生一些突发事件的时候，不能及时有效的整合资源去集合各部门力量，这样会限制高校处理突发事件的时间，无法最大程度降低突发事件带来的负面影响与冲击。
其次，高校没有形成完备的预警体系，进而会影响危机管理的预备管理。当前，高校危机管理意识不强，风险管理意识也很淡薄，有关安全相关的宣传工作、应急演练等等相对是流于表面的，也没有形成一套高校专门的安全评估指标，预警体系、应急预案的建设缺乏。
再次，对于突发事件应急处置“重救轻防”的思想仍然普遍存在于各高校辅导员工作的思想中，这种思想会影响应对突发事件危机管理的反应阶段。辅导员在应对突发事件时应该充分将组织要素、信息要素、资源等充分考虑并融合，在反应阶段集中力量充分应对突发事件。而在反应阶段有效的整合和动员资源也是关键一环。目前仍不能有效集中有效资源和力量，集中在反应阶段应对突发事件，导致滞后等情况，也存在“大事化小，小事化了”的情况，这样的处理原则和无法集中的力量，不能有效应对现如今的时代特点，容易导致不良信息外露，不能及时有效控制突发事件的衍生事态，严重还会产生恶劣的社会影响。