（一）乡村的基础设施并不完善
自贸港建设为乡村旅游发展提供了许多政策红利，这些优惠政策虽然是海南的乡村旅游发展的有利条件，可是海南乡村基础设施不完善的问题仍然存在，乡村的住房条件和资源还不达标。乡村地区尽管有着大量的土地资源，可是在乡村对土地资源的利用率却不高。自贸港建设下的海南吸引了大批游客，但相应地，这庞大的人流量也对房屋建设产生了巨大的要求，因此乡村房屋的条件很难适应游客的需要，这也就影响了海南乡村旅游业的发展，同时，由于海南乡村旅游基本都是在市区之外的城市近郊或边远乡镇，因此交通运输设施不齐全，交通工具缺乏，给旅游者造成了许多不便，也对乡村旅游的游客量产生了负面影响，同时，乡村医疗卫生条件相对落后，基层医疗卫生制度也不健全，无法满足旅游者的需要。因此乡村的基础设施亟待改善。自贸港建设下的海南将提供大量游客和经济发展机遇，同时也对海南农村基础设施的建设提出了更高的需求，但乡村地区的住房条件，道路交通条件和医疗设备等基础条件不健全，无法适应乡村旅游者的需要，在一定程度上影响着海南乡村旅游文化产业的发展。
（二）乡村的旅游文化产业缺乏管理经验
海南地区乡村旅游文化产业的发展主要是以农户自主经营的农户管理模式，或政府、农发协会与农户联合经营的合作管理模式，但其中大多是由外来公司托管运营的，由于经营管理者缺乏运营管理经营和相应的法律知识，在经营收益分配和监督管理上也有所欠缺，运营缺乏具体的目标，监督管理也缺乏严格标准，在运营管理的过程中，出现问题时易产生责任推诿等现象，从而引发了各类纠纷官司。另外，由于经营者团队意识不强，没有与团队合作，产业无法做大做强。乡村旅游服务业所用的当地服务人员很多是没有经过专业化培训的，服务意识淡薄，服务行业的质量达不到旅客的要求，影响了乡村旅游文化产业的发展。自贸港建设增强了海南的城市魅力，扩大了游客流量，对乡村旅游文化的服务有了更高的需求，但乡村旅游文化的管理阶级却没能适时作出反应，及时创新发展模式，优化农村旅游服务业发展的机制体制，这也影响着乡村旅游文化的整体发展。
（三）乡村旅游文化产业相似度高，缺乏特色
乡村旅游文化发展需要加入地方的文化特色，但在海南的乡村旅游文发展中地方民俗文化发展能力还不够强，总体效应不高、市场竞争力薄弱，而且很多项目相似度较高，缺乏自己的特点与优势。另外，由于海南乡村的旅游文化意识相对淡薄，所以尽管海南各乡镇的情况有所不同，且假话旅游资源各异，但由于这些文化旅游资源都高度相似，所以无法凸显个地方的历史文化特点。乡村建设千篇一律，农家乐和休闲农场基本都是采摘，垂钓，餐饮为一体的营业模式，没能做出科学合理的产业规划，各乡村本身具有的文化特色也浸微浸消。农村旅游文化需要具备当地特色，同时建设地方特色服务业，发展具有特色的乡村旅游文化也是自贸港建设的重要要求之一。