1.所处时空维度局限
新建本科高校大部分由专科学校、高职院校或成人院校等较低层次的学校合并或升格而来，学科体系相对狭窄，学科的综合性还远远达不到一流高校水平。高等教育研究学者宜勇教授将周期理论引入学科建设的研究，将学科的发展分为四个阶段，分别是生成期、生长期，成熟期、蜕变期等四个周期，基于以上四个周期分别提出不同的阶段特征。在“双一流”建设等现有政策的聚光效应下，地方高校可能面临着更加严重的人才短缺、资金不足和制度困境，这对营造良好的学科建设环境、建立健全的学科建设制度是一种严重负面效应。本文所指的新建本科高校均指未增列为硕士学位授予单位的本科高校，处于学科发展的第一阶段，周期理论的生成期，其在师资力量、科学研究水平、教育经费、获取资源等方面存在“先天性不足”。在双一流建设背景下，各省在资源配置中，资金优先用于省重点建设、高水平建设、“双一流”等高校倾斜，在资源配置中处于边缘位置。
2.学科思维局限
学科是指人们在认识客体的过程中形成的一套系统有序的知识体系，主要表现为一种学术制度、学术组织教学科目，以及组织、人员、平台、资源等内容，一流学科的建设需要现代化的学科治理体系和治理能力来支撑，尤其是要协调好学科系统内外部机，新建本科高校学校学科顶层设计和规划的人员投入较低，大部分学校成立学科建设指导专职部门时间短，专职开展学科建设的管理人员大部分只有1-2人。新建地方本科高校学科素养较低，学科思维尚未全面形成，二级学院院长以及学科负责人、学科方向带头人学科思维淡薄，学科建设经验不足，学院内学科团队中成员单打独斗多，团队协作少，学科团队的学科归属感弱。这类学校总体上存在经费投入不足的情况，但在日常学科建设管理中又存在“学科建设经费是个筐，啥都往里装”的情况，学科时常挂嘴边，要用经费时学科重要，干起来次要，忙起来不够重要的现象。
3.人才短瓶颈较难突破
习近平总书记说过，功以才成，业由才广。世上一切事物中人是最可宝贵的，一切创新成果都是人做出来的。硬实力、软实力，归根到底要靠人才实力。人才工作在学校高质量发展中，具有战略地位，是学校特色发展的第一资源。近几年全国各地为招贤纳士推出的“引才政策”将人才争夺战推向白热化，高校教师流动加快，不少具有一定学术积累，具有较高学术研究水平的较高层次人才扩大向其他高水平高校流动的倾向。为应对变化的外部环境和自身发展的需要，教师选择将学术资本通过市场行为转化为经济利益的回报，虽然符合资本价值的一般属性，但人才流动过程中的过度寻利导致学术资本化倾向，对学术生态环境的和谐平衡发展造成消极影响，是这类高校学科成长的不利因素之一。在人才争夺中，新建本科高校处于劣势，新建本科高校经费有限，学校层次、学科平台、地理位置不如“双一流”高校，由于还未成功申硕，个人发挥的平台不够高，个人学术积累提升较难，引智留才难度更大。新建本科高校高层次人才匮乏，必然连锁导致高水平平台、项目、成果、团队等核心要素缺失，导致学科队伍整体水平不高，为学科要素发展提供必要支撑的后劲不足，高级职称教师科研后劲不足，青年教师高水平科研项目申报后劲支撑不足；虽然组建了教学科研团队，但组建存在拼凑现象，团队成员单打独斗多，协作少，组建后团队合作成效不明显。