1、分析人员导致的局限性
财务报表分析主要是依靠分析人员运用各种方法和指标对报表进行分析的，分析人员专业水平、职业素质的高低，以及对分析方法理解和掌握程度的不同，都会对分析结果产生不同的影响。报表分析人员对报表分析结果的主观意识，也会使报表分析产生差异，不同的报表使用者对报表的需求不同，对报表信息关注点的不同，会使他们对报表分析的侧重点不同，从而得出不同的分析结论，从单一角度得出的片面结论，往往也会影响医院管理层做出正确的经营管理决策。
2、报表数据导致的局限性
财务报表提供的数据是以货币为计量单位的，但有许多影响医院发展的重大事件、或有事项是无法用货币进行计量的，也往往是财务人员无法掌握的，需要询问相关部门后才能获取，这些事项又会对医院的发展产生重大影响，因此在报表分析时会存在遗漏的可能。另外财务报表提供的信息是以历史成本计量的，是医院在过去一段时间内资产负债、收支结余等运营状况的体现，存在一定的滞后性，因而也会影响财务报表分析的准确性和及时性。
3、分析方法导致的局限性
前文所述，目前财务报表的分析方法主要有比较分析、比率分析、趋势分析、因素分析等方法，但这几种方法本身也存在一定的局限性。
例如比较分析法是将本年实际情况与以前年度的数据进行比较，同样的数据可能因为外部环境的变化而不再适用于简单的比较分析。
比率分析法反映的是两个因素的占比问题，单纯的几个指标占比往往不能真正反映医院当期的经营状况，还需经过专业的、全面的分析才能做出正确的判断。另外如果缺少整个医疗行业的标准比率，那么比率分析也就没了参考依据，更不能准确体现医院在当期环境中的行业地位。
因素分析法中的连环替代法，是将影响指标的各因素进行连环替代，受人为因素影响较大，而且各因素替代的先后顺序不同，对指标的影响程度也不尽相同。