价值选择是制定社会经济政策中利益均衡的过程，“效率”、“公平”两种价值选择的不同侧重，会对农村宅基地制度的改革产生不同的社会效果。改革开放以后，由工业化带动城市化，城市边界向周边农村区域扩张，城镇要素的进入促进土地的使用梯度渐进增长，这种生产效率的革命推动了聚集效应的进程，大量优质农村人才塑造了新业态与新型城镇化，这是社会进步的标志与动力。然而，在资本主导之下形成的城乡关系，缺乏“以人为本”城市化思想，存在两极分化的风险。因此，未被“非农安置红利”惠及的集体组织发觉了闲置宅基地的预期价值，他们寄希望于通过城市资本的引入提高宅基地的利用效率，试图探索自主城镇化的路径。然而，1999年重新修订的《土地管理法》中明确规定，“不准批准城镇居民占用农村宅基地建设房屋”。在公权力主宰下，集体所有权失语，通过农村宅基地利用效率的提高以获得公平待遇的路径被斩断，农户宅基地的财产权无法实现；然而在城乡级差地租强大利益的驱动之下，大量农村宅基地不可避免的产生了隐性流转，侵蚀了部分农户的利益。“三权分置”改革的价值选择，在三方面得以体现。
(一) 延续农村宅基地制度基本保障功能的稳定
当前，农村宅基地的资产属性正逐步明晰，价值的突显，增强了产权变革的激励；农村宅基地的制度改革取得了诸如“三权分置”的突破性进展，然而宅基地仍在作为农村社会保障体系的主力发挥作用。“三权分置”改革既适应了社会经济发展的效率需求，同时坚持集体所有制，即宅基地“所有权”主体为集体经济组织，杜绝了宅基地的私有化。作为农民赖以生存的最后保障，土地必须公有制。通过农村宅基地产权的重新分配，丰富宅基地的权利内容，解决现有制度与社会需求的矛盾问题，厘清不同利益主体的权属边界。“资格权”的剥离与独立，充分保持了宅基地的身份属性，同时蕴含着宅基地制度的一系列基本原则，在本质上延续了农村宅基地制度的基本保障功能，维护了现有制度的稳定，避免因改革过激而产生未知的风险。
(二) 增加农村宅基地制度实现农民财产权益的可行性
新中国成立之初，宅基地制度的设计弥补了农村社会保障体系的缺失，具有极强的保障属性。然而随着城乡融合的推进，农民对宅基地的依赖程度日渐式微，特殊的制度属性在一定程度上束缚了农民，使其无法与城市居民享有同等的、完整的土地财产权益，致使宅基地的财产权无法实现，宅基地的大量闲置不仅造成了社会财富的浪费，还阻碍了提升农民福利、缩小城乡收入差距路径的实施。农村宅基地制度改革，基于保障农户居住权的动因，单独创设了资格权，赋予农民自由选择的权利；农户以宅基地的资格权为法律保障，选择是否将手中宅基地的使用权进行流转，在转让给真正需要宅基地主体的同时，提高宅基地的利用效率 并增加收入，实现与城市居民土地财产收益的对标。
(三) 创新农村宅基地制度完善城乡一体建设用地市场的构建
城乡二元土地制度的设计，不利于土地产权权能的发挥，割裂了土地之间的流通，损害了农民的利益。城市建设用地的紧缺导致价格暴涨，与农村宅基地的闲置形成了鲜明的对比，这不仅是资源的浪费，更是城市居民与农民群体间社会公平的价值选择问题。为化解城乡土地资源的矛盾，需要打破城乡之间土地制度的藩篱，消弭差异，构建城乡一体的建设用地市场。发挥市场机制在资源配置中的作用，是农村宅基地制度改革的基本思路。农村宅基地作为农村土地资源的重要组成部分，基于资源的稀缺性，利用市场机制对农村宅基地进行配置的方向是确定的。当前“三块地”的改革过程中，始终推进符合条件的农村建设用地直接入市；在农村宅基地的改革过程中，随实际保障功能的弱化，可比照农村建设用地的改革方式，从农民宅基地财产权的基本权利内涵展开，在农户资格权的保障之下允许宅基地使用权自由流转，激活宅基地使用权市场。借鉴试点的改革模式及先进经验，通过逐步完善农村宅基地使用权入市，最终消除城乡土地差别待遇，在提升土地资源利用效率的同时实现真正的平等。