美国学者罗伯特·伯恩鲍姆在《大学运行模式》中指出：“追求一种目标，而不是追求目标的机制，是更具有决定意义的抉择。”绩效评价是有目的功能活动，评价动因决定评价功能定位。戴维·奥斯本等人在《改革政府》中概括了评价的基础作用，即测定效果、确定奖励、激励学习、纠正失败、展示成果。历史经验表明，有什么样的评价就有什么样的管治方式和社会形态，评价与组织管理相依相存，但绩效评价有着深刻的社会背景和自身逻辑，它构建于组织内部，同时超越内部上下关系。置于学校治理的范畴中，背后涉及学校、部门、各级领导与教师、学生的关系。治理绩效评价具有二重功能: 一是自上而下推动应用型高校治理目标实现，体现学校及二级学院的执行力; 二是自下而上监督和检验治理目标成色，避免目标走样或偏离初衷。因此，应用型高校二级学院治理绩效评价功能定位是绩效导向的目标评价，其对于高校改革和发展和提高高等教育质量都有着重要的意义。
（一）促进应用型高校二级学院治理目标的价值引领
绩效评估不仅应当对二级学院在治理过程中表现出来的内在要素和实际成绩进行的客观描述和合理评价，更重要的是要体现出“面向共同愿景、和谐共赢的目标导向功能。马克斯· 韦伯最早提出“工具—价值”二分法论述，他认为，价值理性就是根据个人信念和要求而采取行动。战略导向的绩效评价内置了强烈的价值导向，并与应用型高校治理目标价值相吻合。学院治理是一个复杂的动态系统。学院治理绩效评价在目标评价的基础上强化绩效导向，是一项特殊的社会评价活动。进一步应用评价结果，为提高绩效提供方向和注入动力，并形成不断演进的循环。学院治理绩效评价的目的在于推进学院治理目标的实现。
（二）完善应用型高校二级学院治理绩效的度量标准
如何衡量应用型高校二级学院治理效果，不仅是价值判断，还是一种量化判断。按照学院顶层规划设计，学院治理体系涵盖学科、专业、课程、党团、学生发展等领域。要达到二级学院治理目标，在价值导向的基础上，更离不开度量方法与体系。因为治理是一种更偏重于工具理性的政治行为。首先，绩效评价作为发现和甄别问题的方法论，在学院治理绩效评价中，可以针对学院实践目标路径中的核心问题与关键节点，进行指标衡量，检验决策效果；其次，通过绩效评价，可以将二级学院治理体系中的各项内容治理现状，通过指标化、标准化、可比化的结构量表，向学校进行可视化呈现，明确治理短板与提升方向，进行风险预警。
（三）提升应用型高校二级学院治理的动力机制
“制度的生命力在于执行，必须强化制度执行力，加强对制度执行的监督，确保制度时时生威、处处有效”。事实上，不论是制度体系还是能力水平，学院治理重在执行，而执行源于动力。绩效评价作为驱动机制为学院治理提供动能。
一是评价具有激励功能。奖励先进、惩罚后进是组织管理的重要工具。评价对被激励对象的行为产生正面的引导和反面的控制，对良好的绩效加以肯定，对不良的绩效予以批判或惩罚。学院治理涉及纵向和横向的责任主体，形成矩阵式结构。绩效评价以责任主体为对象，针对评价周期内的主体作为所带来的增量变化，从而增强了激励的针对性和有效性；二是绩效评价外部监督性集成了内外动力。监督既是压力， 也是动力。如果说诸如“目标管理责任制”和“一票否决制”的刚性约束造就了实现政治目标的内在动力，那么，绩效评价的外部监督所形成的力量自下而上，源于民间社会，体现民生诉求，其作用和动力更具连续性和持久性。社会评价“自然会产生恒久的 推动力；三是评价及其结果应用形成反馈机制。反馈也是一种动能，有助于关联主体客观、及时、准确地把握治理过程中的相关信息，正视薄弱环节。