目前不同学者对于新时代国有企业党建业务融合过程中存在的问题通过不同的角度进行了表述，总的来说，问题具体可以总结为思想认识，体制机制，执行落实三个层面。
1思想认识问题
首先是部分国有企业管理者和工作人员依旧存在重业务轻党建的问题。不能认识到党建和业务工作的内在联系，甚至将二者至于对立的关系上，将二者定位为矛盾的关系，认为党务工作浪费时间，投入过多精力会干扰业务工作开展。其次是部分企业管理者以及党务工作者对于企业党建工作认识比较片面。认为企业党建只要按照上级要求按部就班及时传达相关思想，政策，完成基本的党员发展工作、党费收取上交等任务就好，没有将党建工作和业务工作联系起来，不能让党建工作深入到生产一线引领业务开展。再次是部分企业管理者以及党务工作者对于企业党建的认识存在偏差，认为国企党建就是要党组织全面介入到业务工作方方面面，将党组织变成了“车间”，大包大揽开展业务工作，或者是认为党建工作应该要凌驾在业务工作之上，将大部分精力的时间都用在党务工作上，而不是起到关键的引领保障作用。最后是部分企业管理者存在错误的政绩观，认为党务工作是“冷板凳”，不容易出成绩，周期太长，投入太大，成绩却不明显，不像业务工作投入产出立竿见影。
2.体制机制问题
首先是部分国有企业党建工作或者党组织在企业治理中处于边缘化。没有将党章写入公司章程，不能实现党的领导和完善企业治理相统一。党的领导制度落实不到位，在研究讨论企业重大经营管理事项时党委会前置程序缺失，在协调支持股东（大）会、董事会、监事会和经理层依法行使职权方面起不到应有作用。其次是部分国有企业党组织在企业选人用人过程中定位不准确，没有起到把关作用，缺少企业领导班子建设和干部队伍、人才队伍建设标准化的评价指标体制机制 。选配企业领导人员工作中，“双向进入、交叉任职”领导机制没有全面落实，部分国有企业党组织在落实对党忠诚、勇于创新、治企有方、兴企有为、清正廉洁要求时忽视了干部的党性修养、清正廉洁等内隐性的评价指标。最后是工作考核中存在“双轨制”。部分国有企业对于干部职工绩效考核中忽视了党建指标或者党建指标分数设置过于低，而党组织对支部和党员的考核评议也缺少对于业务工作的考核，业务考核组和党务考核组各司其职，不交流不沟通，考核结果也不结合不同步，考核工作的双规制导致赋予考核工作促进党建业务融合的指挥棒效用大打折扣。
3执行落实问题
首先是部分国有企业管理者或党务工作者能力上还有所欠缺。对于国家大政方针以及需要传达的的思想、政策以及方针本身就没有深刻理解，导致在组织传达学习过程中出现表达不清，和实际业务结合不上甚至出现同党中央以及上级党组织要传达的思想南辕北辙的情况。其次是部分国有企业管理者或党务工作者工作经验有所缺失。有的党务工作者没有从事过业务工作，有的企业管理者不清楚党务工作，导致实际工作中找不到党建工作和业务工作的结合点，自然也找不到党建业务融合的切入口。再次是部分党务工作千篇一律，不求有功但求无过，缺少创新。[组织生活的开展，无论是载体还是内容，都存在照本宣科，枯燥乏味的情况，上级怎么布置就怎么做，不会因地制宜，以文件落实文件、以会议落实会议，致使党员积极性不高，迟迟无法进入学习状态，即便死记硬背了一些内容也无法和实际生产相结合。最后是部分国有企业党组织对于工作的部署落实过于简单，只考虑部署，不考虑执行。一些要求和制度传导至基层时，往往存在难以操作监督的问题，不仅增加了基层负担，也减弱了工作部署的效果，甚至诱发一些跟风、抄袭现象。