（一）我国农产品质量安全存在风险隐患，短期内难以彻底解决
我国地广人多、东西南北地域差异大、农产品种类丰富、种植方式不同、消费结构复杂，农产品质量安全存在的风险隐患多，标准化体系自上而下贯彻难度大、全程监控产业链战线长，监管难度大。农药兽药残留超标、环境污染前移等风险因素短期内不易消除，动植物疫病、非法添加等问题在部分地区、个别环节依然存在，影响农产品质量安全的深层次问题短期内难以得到根本解决，这是我国农产品质量安全监管存在的客观现实问题。
（二）政府全面开展农产品质量安全监管，但参与主体间缺乏高效联动性
我国农产品质量安全监管工作的组织方式主要包括，以农产品质量安全监管体系、检验检测体系和信用体系建设为抓手，开展农产品质量安全监管、标准、监测、追溯、风险评估等方面的相关工作，得益于这些举措，农产品质量安全水平保持稳中向好发展的态势[3]。但是我国拥有2.3亿农户，这些小农户的经营模式分散、规模小、组织化程度低。影响农产品质量安全的因素具有分散性、不确定性和间断性，既要求监管部门开展制度化、常规化的管理和监测，更需要频繁地、不定时地深入实地对农业生产环境、农业投入品、农业生产过程和农产品进行监督和检查。按照首批农产品质量安全县创建后达到400多人的数据来计算，平均每名监管人员需要监管400名至800名农户，而部分县（包括乡镇和村级）的监管人员可能不足100人，不可能实现人盯人的模式来开展农产品质量安全监管。同时，基层还存在缺经费、缺手段的现象，核心问题在于农产品质量安全监管与市场消费、生产技术和经营管理等参与主体间缺少联动性，多主体协同参与的农产品质量安全监管机制亟待创新完善。
（三）农产品质量安全追溯平台众多，但社会参与程度低
农产品食品安全问题产生的最重要原因是信息的不全面、不透明、不对称，所以政府部门高度重视农产品质量安全的全程溯源。目前国家、省、市、县等不同层级均建立了农产品追溯信息平台，但平台间的数据难以共享，暂未建成高效统一的农产品追溯平台。另一方面，现有的农产品追溯系统依然只能提供产地、承运环节等信息，数据缺乏完整性和真实性，人民群众对农产品质量安全追溯体系信任程度低，社会参与程度低。
（四）农产品质量安全缺乏金融投入，金融资本难下乡
农业存在靠天吃饭、生长周期长的现状，建设初期和扩大经营规模的过程均需要大量投资，开展标准化生产、风险预警和检验检测等农产品质量安全提升建设也需要额外的投入，对于投入需求大、流动资金缺乏的农业经营主体来说，农产品质量安全提升建设投入将变成不必要的支出项。与此同时，我国还存在农村金融供给不足的局面，一是农业现代化的金融服务机制建设不健全，金融机构缺乏服务农业经营主体的内生动力，少抵押缺担保，农业贷款难、融资难成为农业经营者的共识；二是农业本身固有的较高风险，需要金融机构具备极强的风险管理能力，且熟悉农业基本特征和行业规律，并拥有很强的实力，从而才能为农业提供金融服务；三是部分农业经营主体、监管部门的金融意识不高，没有形成金融惠农的生产经营和管理的创新理念，金融资本进入农业产业的难度大。