（1）各个高校研究生人才培养目标的定位和培养体系出现问题。
工商管理专业的研究生毕业的方向有三个，一是就业，二是攻读博士学位，三是创业。每个学生进行读研的目的并不相同，那么不同学生对于培养模式的需求就不一样，只有认真考虑学生需求，以学生需求为导向，进行针对性研究生人才培养，才能发挥研究生培养模式的最大效果。而各大高校研究生人才培养的目标定位是按照学术型为主的培养体系，所以工商管理培养方案的课程设置、教学内容、实践教学方式、教学体系在这个层面上进行，个体差异不明显，针对性较弱，忽视了另外两个方向的发展。同时刘鸿（2002）指出“我国研究生教育的学位内型和培养模式较为单一，抑制了不同类型、不同模式的研究生教育发展，培养出来的研究生满足不了社会对高层次人才的多样化需求”[2]。在教学方面，对于攻读博士学位的学生要偏重于学术型教学，在导师安排、课题选择方面，对于攻读博士学位的学生也要选择偏重于学术型研究方面；与此相对应，对于以就业和创业为导向的学生可以适当缩短非必要的学术型教学内容，在导师安排、课题选择方面，对于就业和创业导向的学生也都要偏重于应用型方面。这样才能突出个体差异，不再是“千人一面”，满足学生的自身需求，同时也能够满足社会对于工商管理研究生人才多样化的要求。王鲁捷（2004)则指出“工商管理研究生的培养目标是：培养具备广泛的社会适应性和多样化实践的创新能力“出手不凡”的高素质研究者和卓有成效的各级管理者，培养具有本土化、适应性、协同性、发展性等基础创新能力的优秀的社会主义事业建设者”[3]。
（2）“导师终身制”存在缺陷和导师的德行。
目前，我国研究生普遍采用“导师终身制”，研究生在进入研究生阶段之前或者不久之后就要开始选择自己的导师。不同导师各有侧重，有的导师在学术造诣上取得不错的成绩，有的导师善于与企业有更多的沟通交流，且每个导师所研究的方向不同。有些研究生对导师的选择不是很慎重，随意进行导师选择；也有些研究生对导师不够了解，也对自己未来的选择方向不是很明确，随意进行导师选择。学生一旦确认导师之后，导师的研究方向基本上是学生今后的研究方向，这种由导师决定学生研究方向的机制会导致学生研究方向的局限性，使得学生在学术研究创新方面有很多的阻碍。因此，为了扩大学生研究方向和选择性，部分学校开始采用联合培养，校外导师等培养模式，增大学生接触知识的机会，拓展学生眼界，让学生了解到其他研究方向，提高学生研究课题的兴趣，努力探索自己喜欢的研究方向。
导师的品德对于研究生的培养是很重要，虽然大部分的研究生导师或者博士生导师的品德都是非常不错的，值得让人尊敬，但是也不乏某些导师的品德低下，对研究生造成很大的困扰，例如：中南大学研究生跳楼问题、武汉理工大学研究生跳楼问题等，这些问题也从侧面反映了导师的品德也是很重要的。
（3）课程设置缺乏针对性，教学模式单一。
目前，国内工商管理研究生课程设置体系一般由公共课、专业基础课、公共修课和专业选修课等四个模块。大多数学校对于工商管理研究生的课程体系都是围绕培养较高层次的工商管理研究性人才，重点突出理论知识的学习，缺乏专业实践课程的设置，忽视了对于工商管理实践性人才的培养。根据兰玉杰和张斌（2011）研究表明“工商管理研究生对学校开设的教学课程基本不满意，可能在于公共必修课设置过多；专业基础必修课程内容简单且陈旧导致前沿性不够，部分内容存在者与本科生上的内容一致，没有产生差异性；专业必修课程的设置上，老师的授课内容没有反映出该学科领域的一些最新知识和科研成果，导致学生并没有达到专业必须课的要求；学校开设的选修课程，涉及该专业领域课程较多，而其他相关周边学科内容涉及过少；这样的课程设置没有凸显研究生教育在课程内容上的要求和特色。”
教学方式单一，全程的“灌输式”、“填鸭式”的教学方式无法调动学生的热情，虽然部分老师会采用案例教学或者讨论教学，但很少教师能把学生组织起来，倾听、引导、提醒、评价他们，使得好的教学方式流于形式，无法对学生进行有效的帮助；由于部分教师并没有在企业实践过，对课本的理论理解不够深刻，在教学中难免会出现照本宣科的现象。另外，部分老师对研究生授课不是很重视，没有做好课前授课准备，简单的布置要求内容，并没有达到该课程的授课要求。