（一）土地流转经营权抵押贷款的可持续性决定于土地经营权的稳定性。不同于承包型土地经营权抵押贷款，土地流转经营权抵押贷款本质为债权抵押贷款。所以，当规模经营主体遭遇经营失败或其他因素导致逾期还款，金融机构处置的其实是普通农户的土地经营权。也正是如此，金融机构难以处置流转型土地经营权。换言之，不稳定的流转型土地经营权阻碍了农地抵押贷款的实现。所以，需要有一种制度设计来解决土地流转经营权抵押贷款的内在矛盾。
（二）内在冲突: 租金年付制与土地经营权稳定性。租金年付制是流转型土地经营权不稳定的原因。尽管土地租赁合约一般能达到 15 年左右，但租入方并没有一次性支付农民 15 年的租金，所以租入方并不实质上拥有 15 年的土地经营权。其实，租金年付制只表明了租入方拥有土地经营权的优先获取权。由此，难免会出现以处置农民的土地经营权来为债务人偿还债务的现象。显然，这会对农民的权益带来不利影响。流转型土地经营权与处在按揭中的住房相同，使用权人不具有完整产权，降低了资产的可抵押。
当然，如果能在短时间内处置流转型土地经营权，并且能按时兑现农民的租金，此时也不会给农民利益带来实质性的损害。然而，还存在另一种情形。如果农民对现行土地租金不满意，要求重新签订合同，由此也会提高土地经营权的不确定性。即便不存在土地租赁合同的再谈判问题，也需要考虑农地处置的交易费用。
尽管一次性支付农民土地租金会使得租入方具有完整的土地经营权，但地方实践中较少见到一次性支付的租赁合约，同时也不应强求租入方采取一次性的支付方式。实际上，在考虑贴现情况下，一次性支付与按年支付给农民带来的总财富是相等的。由此，就可以理解为何实践中农地租赁合约多为租金年付制。其一，一次性支付会极大提高前期投入成本。假设一亩地租金为600元/亩，15年300亩的土地经营权就需要支付270 万元的租金，这巨大的前期投入不是一般的农业经营主体所能支付的。其二，即便能一次性支付也需要考虑风险因素。农业极易受自然及市场风险的影响。同时，长期性投资的不确定性更高。试想自然风险导致经营失败，致使租入方不愿再继续经营的情形。此时租入方就可能会与农民谈判退还土地经营权，并向农民索还已支付的土地租金。由于农民人数众多且异质性较强，所以不难想象，一次性支付合约下的谈判费用会更高，即租入方终止租赁合同的交易费用更高。同理，如果市场上存在能支付更高租金的其他主体，在租金年付制的合约下农民终止租赁合同的交易费用更低。
(三)农村土地承包经营权流转市场尚未形成。我国农村目前普遍没有土地经营权流转市场，农村土地经营权缺少运营规范，自然农村土地经营权就很难作为抵押物进行融资活动。目前我国的农村土地流转市场建设面临的主要问题有：一是农村土地经营权缺少规范的、有保障的交易规则，农村一些闲置的土地无法通过合法的途径进行流转；二是流转信息交流不通畅。土地流转信息缺少传播渠道，需求与供给方无法沟通造成了农村土地资源及其潜在价值的浪费。正是因为没有建立规范的土地流转规则，土地的流转很多时候只是由个体之间进行，流转的对象也仅限于亲朋好友之间。这些因素都影响了农村土地承包经营权抵押贷款的推广速度.